冠军
DOI:10.18129 / B9.bioc.ChAMP
此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见冠军．
芯片分析甲基化管道Illumina HumanMethylation450和EPIC
Bioconductor版本:3.10
该软件包包括质量控制指标，标准化方法的选择和新方法，以识别差异甲基化区域和突出拷贝数变化。
作者:袁田[cre,aut]， Tiffany Morris [ctb]， Lee Stirling [ctb]， Andrew Feber [ctb]， Andrew Teschendorff [ctb]， Ankur Chakravarthy [ctb]
维护人员:Yuan Tian
引用(从R中，输入引用(“冠军”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:
browseVignettes(“冠军”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 芯片分析甲基化管道 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | CopyNumber，DNAMethylation，MethylationArray，微阵列，归一化，软件，TwoChannel |
| 版本 | 2.16.2 |
| Bioconductor自 | BioC 2.13 (R-3.0)(6.5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (> = 3.3),minfi，ChAMPdata(> = 2.6.0),有限元法(> = 3.1),DMRcate，Illumina450ProbeVariants.db，IlluminaHumanMethylationEPICmanifest，DT |
| 进口 | prettydoc，Hmisc，globaltest，股东价值分析，illuminaio，rmarkdown，IlluminaHumanMethylation450kmanifest，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19，limma，RPMM，DNAcopy，preprocessCore，嫁祸于，marray，西瓜，plyr，goseq，missMethyl，kpmt，ggplot2，GenomicRanges，qvalue，isva，doParallel，bumphunter，quadprog，闪亮的，shinythemes，情节(> = 4.5.6),RColorBrewer，dendextend，matrixStats，combinat |
| 链接 | |
| 建议 | knitr，rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | ChAMP_2.16.2.tar.gz |
| Windows二进制 | ChAMP_2.16.2.zip |
| Mac OS X 10.11 (El Capitan) | ChAMP_2.16.2.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChAMP |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/冠军 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ChAMP/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
