蜂窝轨道

doi：10.18129/b9.bioc.celltrails

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅蜂窝轨道。

分支轨迹的重建，可视化和分析

生物导体版本：3.10

CellTrails是一种无监督的算法，用于从头按时间顺序排序，单细胞表达数据的可视化和分析。CellTrails利用了低维流形学习的几何动机概念，该概念表现出了多种美德，这些美德抵消了由辍学，技术方差和预测变量的冗余引起的单细胞数据的内在噪声。CellTrail可以重建分支轨迹，并同时提供沿所有分支的表达模式的直观图形表示。它允许用户定义和推断单个和多个途径的表达动力学通向不同的表型。

作者：Daniel Ellwanger [AUT，CRE，CPH]

维护者：daniel Ellwanger

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ celltrails”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ CellTrails”）

PDF	R脚本	细胞铁路：从单细胞表达数据的分支轨迹的重建，可视化和分析
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	聚类，，，，datarepresentation，，，，差异性，，，，维度，，，，基因表达，，，，免疫学，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件，，，，时间科
版本	1.4.0
在生物导体中	Bioc 3.8（R-3.5）（1。5年）
执照	艺术2.0
要看	r（> = 3.5），Singlecellexperiment
进口	生物基因，，，，生物酶，，，，CBA，，，，Dendextend，，，，DTW，，，，环境，，，，GGPLOT2，，，，Ggrepel，grdevices，Igraph，，，，MAPTREE， 方法，MGCV，，，，RESHAPE2，，，，RTSNE，统计，花键，总结性特征，UTILS
链接
建议	AnnotationDbi，，，，命运，，，，运行，，，，评分，，，，斯克兰，，，，尼特，，，，org.mm.eg.db，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	celltrails_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	celltrails_1.4.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	celltrails_1.4.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/celltrails
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：套餐/celltrails
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/celltrails/
软件包下载报告	下载统计