CVE

DOI:10.18129 / B9.bioc.CVE

这个包是用于Bioconductor 3.10版本的;有关稳定的最新发布版本，请参阅CVE。

癌症变异探险家

Bioconductor版本:3.10

用于精准肿瘤学交互变量优先化的闪亮应用程序。CVE的输入文件是最近发布的Oncotator变体注释工具的输出文件，该工具总结了与癌症研究相关的14种不同的公开资源中以变体为中心的信息。CVE的交互优先是基于已知的生殖系和癌症变种，DNA修复基因和功能预测得分。CVE的一个可选特性是利用公开的转录组数据生成的共表达模块来探索肿瘤特异性通路背景。最后，利用药物基因相互作用数据库(DGIdb)评估优先变异体的用药性。

作者:Andreas Mock [aut, cre]

维护者:Andreas Mock < Mock。在gmail.com科学>

安装

要安装这个包，启动R(版本"3.6")，并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("CVE")

对于旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的这个包的版本文档，启动R并输入:

browseVignettes (CVE)

超文本标记语言	R脚本	癌症变异探索者(CVE)教程
超文本标记语言	R脚本	利用TCGA RNAseq数据进行加权基因共表达网络分析
PDF		参考手册

细节

biocViews	BiomedicalInformatics,软件
版本	1.11.2
Bioconductor自	BioC 3.4 (R-3.3)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.4.0),tidyverse,plyr,ggplot2
进口	闪亮的,ConsensusClusterPlus,RColorBrewer,gplots,jsonlite,猿,WGCNA,RTCGAToolbox
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在你的R会话中使用这个包的说明。

源包	CVE_1.11.2.tar.gz
Windows二进制	CVE_1.11.2.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	CVE_1.11.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CVE
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CVE
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CVE/
包下载报告	下载数据