CSAR

doi:10.18129/b9.bioc.csar

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅CSAR

用于分析芯片序列数据的统计工具

生物导体版本:3.10

CHIP-SEQ数据分析的统计工具。该软件包包括Kaufmann等人中描述的统计方法。(2009)PLOS生物学:7(4):E1000090。简而言之,该软件计算出基因组单核苷酸读取值的平均DNA片段大小。归一化后,使用基于泊松分布的测试比较样品和对照。测试统计阈值控制错误的发现率是通过随机排列获得的。

作者:Jose M Muino

维护者:Jose M Muino

引用(从r内,输入引用(“ CSAR”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ csar”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ CSAR”)

PDF R脚本 CSAR VIGNETTE
PDF 参考手册

细节

生物浏览 chipseq,,,,遗传学,,,,软件,,,,转录
版本 1.38.0
在生物导体中 Bioc 2.6(R-2.11)(10年)
执照 艺术2.0
要看 r(> = 2.15.0),S4VECTORS,,,,iranges,,,,GenomeInfodB,,,,基因组机
进口 统计,utils
链接
建议 Shortread,,,,生物弦
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我 狭窄
建议我 狭窄
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 csar_1.38.0.tar.gz
Windows二进制 csar_1.38.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) csar_1.38.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/csar
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/csar
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/csar/
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