CNVRanger

DOI:10.18129 / B9.bioc.CNVRanger

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CNVRanger。

总结和表达/表型CNV协会的范围

Bioconductor版本:3.10

CNVRanger包实现了一个全面的工具套件CNV的分析。这包括功能总结个人CNV调用在人口、评估与功能基因组区域重叠,和协会与基因表达和定量表型分析。

作者:路德维希Geistlinger (aut (cre),维尼•恩里克•达席尔瓦(aut),马塞尔•拉莫斯(施),李维沃尔德伦(施)

维护人员:路德维希Geistlinger <路德维希。在sph.cuny.edu geistlinger >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CNVRanger”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“CNVRanger”)

HTML	R脚本	摘要CNV的范围和数量性状分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation,DifferentialExpression,GeneExpression,GenomeWideAssociation,GenomicVariation,微阵列,RNASeq,单核苷酸多态性,软件
版本	1.2.2
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	GenomicRanges,RaggedExperiment
进口	BiocParallel,GDSArray,GenomeInfoDb,IRanges,S4Vectors,SNPRelate,SummarizedExperiment,data.table,刨边机,gdsfmtgrDevices,晶格,limma、方法、plyr,qqman,rappdirs,reshape2统计,跑龙套
链接
建议	AnnotationHub,BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau6.masked,BiocStyle,Gviz,MultiAssayExperiment,TCGAutils,curatedTCGAData,ensembldb,knitr,地区,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/waldronlab/CNVRanger/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CNVRanger_1.2.2.tar.gz
Windows二进制	CNVRanger_1.2.2.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	CNVRanger_1.2.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNVRanger
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CNVRanger
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CNVRanger/
包下载报告	下载数据