cn
DOI:10.18129 / B9.bioc.CNEr
此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见cn．
CNE检测与可视化
Bioconductor版本:3.10
保守非编码元素集的大规模识别和高级可视化。
作者:葛坦
维护人员:葛坦
引用(从R中，输入引用(“cn”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:
browseVignettes(“cn”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | CNE识别和可视化 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 两两全基因组比对 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | DataImport，GeneRegulation，软件，可视化 |
| 版本 | 1.22.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.14 (R-3.1)(6年) |
| 许可证 | GPL-2 |文件许可证 |
| 取决于 | R (> = 3.4) |
| 进口 | Biostrings(> = 2.33.4),DBI(> = 0.7),RSQLite(> = 0.11.4),GenomeInfoDb(> = 1.1.3),GenomicRanges(> = 1.23.16),rtracklayer(> = 1.25.5),XVector(> = 0.5.4),GenomicAlignments(> = 1.1.9)、方法S4Vectors(> = 0.13.13),IRanges(> = 2.5.27),readr(> = 0.2.2),BiocGenerics、工具、平行reshape2(> = 1.4.1),ggplot2(> =魅惑,poweRlaw(> = 0.60.3),注释(> = 1.50.0),GO.db(> = 3.3.0),R.utils(> = tripwire),KEGGREST(> = 1.14.0) |
| 链接 | S4Vectors，IRanges，XVector |
| 建议 | Gviz(> = 1.7.4),BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer10，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，TxDb.Drerio.UCSC.danRer10.refGene，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal3 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/ge11232002/CNEr |
| BugReports | https://github.com/ge11232002/CNEr/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | TFBSTools |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | CNEr_1.22.0.tar.gz |
| Windows二进制 | CNEr_1.22.0.zip(32位和64位) |
| Mac OS X 10.11 (El Capitan) | CNEr_1.22.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNEr |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cn |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/CNEr/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
