cn

DOI:10.18129 / B9.bioc.CNEr

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见cn

CNE检测与可视化

Bioconductor版本:3.10

保守非编码元素集的大规模识别和高级可视化。

作者:葛坦

维护人员:葛坦

引用(从R中,输入引用(“cn”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:

browseVignettes(“cn”)

超文本标记语言 R脚本 CNE识别和可视化
超文本标记语言 R脚本 两两全基因组比对
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews DataImportGeneRegulation软件可视化
版本 1.22.0
Bioconductor自 BioC 2.14 (R-3.1)(6年)
许可证 GPL-2 |文件许可证
取决于 R (> = 3.4)
进口 Biostrings(> = 2.33.4),DBI(> = 0.7),RSQLite(> = 0.11.4),GenomeInfoDb(> = 1.1.3),GenomicRanges(> = 1.23.16),rtracklayer(> = 1.25.5),XVector(> = 0.5.4),GenomicAlignments(> = 1.1.9)、方法S4Vectors(> = 0.13.13),IRanges(> = 2.5.27),readr(> = 0.2.2),BiocGenerics、工具、平行reshape2(> = 1.4.1),ggplot2(> =魅惑,poweRlaw(> = 0.60.3),注释(> = 1.50.0),GO.db(> = 3.3.0),R.utils(> = tripwire),KEGGREST(> = 1.14.0)
链接 S4VectorsIRangesXVector
建议 Gviz(> = 1.7.4),BiocStyleknitrrmarkdowntestthatBSgenome.Drerio.UCSC.danRer10BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38TxDb.Drerio.UCSC.danRer10.refGeneBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal3
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/ge11232002/CNEr
BugReports https://github.com/ge11232002/CNEr/issues
取决于我
进口我 TFBSTools
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包 CNEr_1.22.0.tar.gz
Windows二进制 CNEr_1.22.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan) CNEr_1.22.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNEr
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cn
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/CNEr/
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