催化剂

doi：10.18129/b9.bioc.catalyst

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅催化剂。

细胞仪数据分析工具

生物导体版本：3.10

质量细胞仪（CYTOF）使用重金属同位素而不是荧光标签作为记者标记抗体，从而大大降低了光谱重叠，并允许检查单个细胞水平的50多个参数。虽然在细胞术中，光谱重叠在细胞仪中的明显明显不高，但由于检测敏感性，同位素杂质而引起的溢出，氧化物的形成会阻碍数据的可解释性。我们设计了催化剂（细胞术数据分析工具），以提供用于预处理细胞术数据的管道，包括i）使用珠标准标准，ii）单细胞反卷积和iii）基于珠的补偿。

作者：Helena L. Crowell [AUT，CRE]，Vito R.T.Zanotelli [AUT]，StéphaneChevrier[AUT，DTC]，Mark D. Robinson [Aut，FND]，Bernd Bodenmiller [FND]

维护者：Helena L. Crowell

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ catalyst”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“催化剂”）

html	R脚本	用催化剂差分分析
html	R脚本	用催化剂进行预处理
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	聚类，，，，差异性，，，，实验设计，，，，流程仪，，，，免疫学，，，，质谱，，，，正常化，，，，预处理，，，，Singlecell，，，，软件，，，，统计信息，，，，可视化
版本	1.10.3
在生物导体中	Bioc 3.5（R-3.4）（3年）
执照	GPL（> = 2）
要看	R（> = 3.6）
进口	生物酶，，，，循环，，，，复杂的图像，，，，共识ClusterPlus，，，，牛仔图，，，，Data.Table，，，，dplyr，，，，刚果，，，，DT，，，，流核，，，，流动，，，，GGPLOT2，，，，Ggrepel，，，，Ggridges，图形，grdevices，网格，栅格，，，，htmltools，，，，林玛，，，，马格里特，，，，矩阵，，，，矩阵， 方法，nnls，，，，情节，，，，purrr，，，，rcolorbrewer，，，，RESHAPE2，，，，RTSNE，，，，Singlecellexperiment，，，，总结性特征，，，，S4VECTORS，，，，秤，，，，评分，，，，闪亮的，，，，发光的dashboard，，，，丝绸，，，，Shinyjs，统计，utils
链接
建议	生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，diffcyt
系统要求
增强
URL	https://github.com/helenalc/catalyst
BugReports	https://github.com/helenalc/catalyst/issues
取决于我	CytofworkFlow
进口我
建议我	diffcyt
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	catalyst_1.10.3.tar.gz
Windows二进制	catalyst_1.10.3.zip（32-和64位）
Mac OS X 10.11（El Capitan）	catalyst_1.10.3.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/catalyst
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/催化剂
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/catalyst/
软件包下载报告	下载统计