篮球选手

DOI:10.18129 / B9.bioc.CAGEr

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅篮球选手。

基因表达的分析笼(Cap分析)测序数据转录起始点的精确映射和promoterome挖掘

Bioconductor版本:3.10

笼测序数据的预处理,转录起始点的识别和正常化和下游转录起始点的分析集群(发起人)。

作者:Vanja Haberle < Vanja。在gmail.com haberle >

维护人员:Vanja Haberle < Vanja。在gmail.com haberle >,Charles Plessy , Damir Baranasic , Sarvesh Nikumbh

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“篮球选手”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes(“篮球选手”)

HTML	R脚本	篮球选手:R包笼数据分析和promoterome挖掘
HTML	R脚本	使用笼资源与篮球选手
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文本		新闻

细节

biocViews	聚类,FunctionalGenomics,GeneExpression,归一化,预处理,测序,软件,转录,可视化
版本	1.28.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(7年)
许可证	GPL-3
取决于	方法,MultiAssayExperimentR (> = 3.5.0)
进口	beanplot,BiocGenerics,BiocParallel,BSgenome,data.table,DelayedArray,formula.tools,GenomeInfoDb,GenomicAlignments,GenomicRanges(> = 1.37.16),ggplot2(> = 2.2.0),gtools,IRanges(> = 2.18.0),KernSmooth,memoise,plyr,Rsamtools,重塑,rtracklayer,S4Vectors,耶鲁大学管理学院,stringdist,stringi,SummarizedExperiment跑龙套,素食主义者,VGAM
链接
建议	BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7,DESeq2,FANTOM3and4CAGE,BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	seqPattern
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CAGEr_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	CAGEr_1.28.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	CAGEr_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CAGEr
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/篮球选手
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CAGEr/
包下载报告	下载数据