CAGEfightR

DOI:10.18129 / B9.bioc.CAGEfightR

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CAGEfightR

上限分析基因表达的分析使用Bioconductor(笼)数据

Bioconductor版本:3.10

笼是一种广泛使用的高通量分析测量转录起始站点(TSS)活动。CAGEfightR R / Bioconductor方案执行广泛的通用数据分析任务笼和5 '端数据。核心功能包括:进口笼TSS (ctss),标签(或单向)集群TSS识别、双向聚类为增强器识别、注释与成绩单和基因模型,相关的TSS和增强器表达式,计算TSS形状,笼子里表达的量化矩阵表达式和基因组浏览器可视化。

作者:马尔特Thodberg

维护人员:马尔特Thodberg < maltethodberg gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“CAGEfightR”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CAGEfightR”)

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文档

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文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 注释,报道,DataImport,DataRepresentation,GeneExpression,GeneRegulation,GenomeBrowsers,归一化,PeakDetection,预处理,测序,软件,转录,转录组,可视化
版本 1.6.0
Bioconductor自 BioC 3.7 (r - 3.5)(2年)
许可证 GPL-3 +文件许可证
取决于 R (> = 3.5),GenomicRanges(> = 1.30.1),rtracklayer(> = 1.38.2),SummarizedExperiment(> = 1.8.1)
进口 pryr(> = 0.1.3),为了(> = 0.2.0)、方法矩阵-12年(> = 1.2),Matrix.utils(> = 0.9.6),嗯……(> = 0.9.5),BiocGenerics(> = 0.24.0),S4Vectors(> = 0.16.0),IRanges(> = 2.12.0),GenomeInfoDb(> = 1.14.0),GenomicFeatures(> = 1.29.11),BiocParallel(> = 1.12.0),GenomicFiles(> = 1.14.0),Gviz(> = 1.22.2),InteractionSet(> = 1.9.4),GenomicInteractions(> = 1.15.1)
链接
建议 knitr,rmarkdown,BiocStyle,org.Mm.eg.db,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/MalteThodberg/CAGEfightR
BugReports https://github.com/MalteThodberg/CAGEfightR/issues
取决于我 CAGEWorkflow
进口我
建议我 纳米管
我的链接
构建报告

包档案

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源包 CAGEfightR_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 CAGEfightR_1.6.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) CAGEfightR_1.6.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CAGEfightR
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CAGEfightR
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/CAGEfightR/
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