Biostrings

DOI:10.18129 / B9.bioc.Biostrings

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见Biostrings．

生物弦的有效操作

Bioconductor版本:3.10

内存高效的字符串容器，字符串匹配算法和其他实用程序，用于快速操作大型生物序列或序列集。

作者:H. Pagès, P. Aboyoun, R. Gentleman, S. DebRoy

维护人员:H. Pagès

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("Biostrings")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Biostrings”)

PDF	R脚本	Biostrings 2中定义的基本类的简短介绍
PDF		生物strings快速概述
PDF	R脚本	处理探针序列信息
PDF	R脚本	多重比对
PDF	R脚本	成对序列比对
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，DataImport，DataRepresentation，遗传学，基础设施，SequenceMatching，测序，软件
版本	2.54.0
在Bioconductor	BioC 1.6 (R-2.1)或更早(> 15年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.5.0)，方法，BiocGenerics(> = 0.31.5),S4Vectors(> = 0.21.13),IRanges，XVector(> = 0.23.2)
进口	图形，方法，统计，效用
链接	S4Vectors，IRanges，XVector
建议	BSgenome(> = 1.13.14),BSgenome.Celegans.UCSC.ce2(> = 1.3.11),BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3(> = 1.3.11),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18，drosophila2probe，hgu95av2probe，hgu133aprobe，GenomicFeatures(> = 1.3.14),hgu95av2cdf，affy(> = 1.41.3),affydata(> = 1.11.5),RUnit
SystemRequirements
增强了	Rmpi
URL
全靠我	altcdfenvs，amplican，Basic4Cseq，大脑，BSgenome，chimeraviz，ChIPanalyser，ChIPpeakAnno，ChIPsim，切肉刀，食典委，CRISPRseek，解读，deepSNV，FDb.FANTOM4.promoters.hg19，GeneRegionScan，generegulation，GenomicAlignments，哥特，harbChIP，HelloRanges，hiReadsProcessor，iPAC，JASPAR2014，烤肉串，MethTargetedNGS，methVisual，minfi，Modstrings，MotifDb，motifRG，motifStack，msa，肌肉，NestLink，益生元，pcaGoPromoter，pd.ag，pd.aragene.1.0.st，pd.aragene.1.1.st，pd.ath1.121501，pd.barley1，pd.bovgene.1.0.st，pd.bovgene.1.1.st，pd.bovine，pd.bsubtilis，pd.cangene.1.0.st，pd.cangene.1.1.st，pd.canine，pd.canine.2，pd.celegans，pd.chicken，pd.chigene.1.0.st，pd.chigene.1.1.st，pd.chogene.2.0.st，pd.chogene.2.1.st，pd.citrus，pd.clariom.d.human，pd.clariom.s.human，pd.clariom.s.human.ht，pd.clariom.s.mouse，pd.clariom.s.mouse.ht，pd.clariom.s.rat，pd.clariom.s.rat.ht，pd.cotton，pd.cyngene.1.0.st，pd.cyngene.1.1.st，pd.cyrgene.1.0.st，pd.cyrgene.1.1.st，pd.cytogenetics.array，pd.drogene.1.0.st，pd.drogene.1.1.st，pd.drosgenome1，pd.drosophila.2，pd.e.coli.2，pd.ecoli，pd.ecoli.asv2，pd.elegene.1.0.st，pd.elegene.1.1.st，pd.equgene.1.0.st，pd.equgene.1.1.st，pd.felgene.1.0.st，pd.felgene.1.1.st，pd.fingene.1.0.st，pd.fingene.1.1.st，pd.genomewidesnp.5，pd.genomewidesnp.6，pd.guigene.1.0.st，pd.guigene.1.1.st，pd.hc.g110，pd.hg.focus，pd.hg.u133.plus.2，pd.hg.u133a，pd.hg.u133a.2，pd.hg.u133a.tag，pd.hg.u133b，pd.hg.u219，pd.hg.u95a，pd.hg.u95av2，pd.hg.u95b，pd.hg.u95c，pd.hg.u95d，pd.hg.u95e，pd.hg18.60mer.expr，pd.ht.hg.u133.plus.pm，pd.ht.hg.u133a，pd.ht.mg.430a，pd.hta.2.0，pd.hu6800，pd.huex.1.0.st.v2，pd.hugene.1.0.st.v1，pd.hugene.1.1.st.v1，pd.hugene.2.0.st，pd.hugene.2.1.st，pd.maize，pd.mapping250k.nsp，pd.mapping250k.sty，pd.mapping50k.hind240，pd.mapping50k.xba240，pd.margene.1.0.st，pd.margene.1.1.st，pd.medgene.1.0.st，pd.medgene.1.1.st，pd.medicago，pd.mg.u74a，pd.mg.u74av2，pd.mg.u74b，pd.mg.u74bv2，pd.mg.u74c，pd.mg.u74cv2，pd.mirna.1.0，pd.mirna.2.0，pd.mirna.3.0，pd.mirna.4.0，pd.moe430a，pd.moe430b，pd.moex.1.0.st.v1，pd.mogene.1.0.st.v1，pd.mogene.1.1.st.v1，pd.mogene.2.0.st，pd.mogene.2.1.st，pd.mouse430.2，pd.mouse430a.2，pd.mta.1.0，pd.mu11ksuba，pd.mu11ksubb，pd.nugo.hs1a520180，pd.nugo.mm1a520177，pd.ovigene.1.0.st，pd.ovigene.1.1.st，pd.pae.g1a，pd.plasmodium.anopheles，pd.poplar，pd.porcine，pd.porgene.1.0.st，pd.porgene.1.1.st，pd.rabgene.1.0.st，pd.rabgene.1.1.st，pd.rae230a，pd.rae230b，pd.raex.1.0.st.v1，pd.ragene.1.0.st.v1，pd.ragene.1.1.st.v1，pd.ragene.2.0.st，pd.ragene.2.1.st，pd.rat230.2，pd.rcngene.1.0.st，pd.rcngene.1.1.st，pd.rg.u34a，pd.rg.u34b，pd.rg.u34c，pd.rhegene.1.0.st，pd.rhegene.1.1.st，pd.rhesus，pd.rice，pd.rjpgene.1.0.st，pd.rjpgene.1.1.st，pd.rn.u34，pd.rta.1.0，pd.rusgene.1.0.st，pd.rusgene.1.1.st，pd.s.aureus，pd.soybean，pd.soygene.1.0.st，pd.soygene.1.1.st，pd.sugar.cane，pd.tomato，pd.u133.x3p，pd.vitis.vinifera，pd.wheat，pd.x.laevis.2，pd.x.tropicalis，pd.xenopus.laevis，pd.yeast.2，pd.yg.s98，pd.zebgene.1.0.st，pd.zebgene.1.1.st，pd.zebrafish，PGA，pqsfinder，PWMEnrich，qrqc，QSutils，R453Plus1Toolbox，R4RNA，REDseq，rGADEM，RiboProfiling，Roleswitch，rRDP，Rsamtools，RSVSim，sangerseqR，扫描。通用产品，scsR，SELEX，seqbias，测序，ShortRead，SICtools，ssviz，Structstrings，systemPipeR，topdownr，三层，waveTiling
进口我	AffyCompatible，AllelicImbalance，高山，AneuFinder，AnnotationHubData，appreci8R，ArrayExpressHTS，AssessORF，ATACseqQC，BBCAnalyzer，BCRANK，bcSeq，击败，BgeeCall，BioSeqClass，biovizBase，brainflowprobes，分歧点，BSgenome，bsseq，BUMHMM，BUSpaRse，ChIPseqR，ChIPsim，chromVAR，circRNAprofiler，cn，CNVfilteR，cobindR，compEpiTools，consensusDE，警戒线，CrispRVariants，customProDB，dada2，dagLogo，decompTumor2Sig，diffHic，DNAshapeR，DominoEffect，easyRNASeq，EDASeq，ensembldb，ensemblVEP，esATAC，eudysbiome，EuPathDB，EventPointer，FastqCleaner，FDb.InfiniumMethylation.hg18，FDb.InfiniumMethylation.hg19，FindMyFriends，FourCSeq，GA4GHclient，gcapc，gcrma，genbankr，GeneRegionScan，GeneStructureTools，GenoGAM，genomation，GenomicAlignments，GenomicFeatures，GenomicScores，genphen，GenVisR，ggbio，GGtools，girafe，gmapR，GUIDEseq，Gviz，gwascat，h5vc，的热图，希尔达，HiTC，HTSeqGenie，icetea，IMMAN，感兴趣，InterMineR，电离，ipdDb，IsoformSwitchAnalyzeR，KEGGREST，Logolas，LowMACA，LymphoSeq，MACPET，MADSEQ，MatrixRider，联合化疗，MEDIPS，MEDME，metagenomeFeatures，methimpute，methVisual，methylPipe，微，MMDiff2，motifbreakR，motifcounter，motifmatchr，motifRG，MotIV，MTseeker，MutationalPatterns，ngsReports，诊断，oligoClasses，OmaDB，openPrimeR，ORFik，OTUbase，Pbase，pd.081229.hg18.promoter.medip.hx1，pd.2006.07.18.hg18.refseq.promoter，pd.2006.07.18.mm8.refseq.promoter，pd.2006.10.31.rn34.refseq.promoter，pd.atdschip.tiling，pd.charm.hg18.example，pd.feinberg.hg18.me.hx1，pd.feinberg.mm8.me.hx1，pd.mirna.3.1，pdInfoBuilder，PhyloProfile，PhyloProfileData，phyloseq，pipeFrame，podkat，聚酯，primirTSS，proBAMr，procoil，ProteomicsAnnotationHubData，PureCN，Pviz，qPLEXanalyzer，qrqc，qsea，QuasR，r3Cseq，ramwas，美国广播公司，Rcpi，REDseq，地区，REMP，Repitools，rGADEM，RNAmodR，RNAprobR，RNASeqR，Rqc，rtracklayer，scmeth，scoreInvHap，颈背，SeqArray，seqcombo，seqPattern，seqplots，SGSeq，签名者，SigsPack，SNPhood，soGGi，SomaticSignatures，SparseSignatures，分裂，sscu，StructuralVariantAnnotation，synapter，SynMut，TarSeqQC，TFBSTools，石棉水泥板，trena，tRNA，tRNAdbImport，tRNAscanImport，TVTB，tximeta，Ularcirc，universalmotif，VariantAnnotation，VariantExperiment，VariantFiltering，VariantTools，wavClusteR
建议我	注释，AnnotationForge，AnnotationHub，强盗，BeadArrayUseCases，BiocGenerics，CINdex，CSAR，exomeCopy，GenomicFiles，GenomicRanges，genoset，GWASTools，maftools，methrix，methylumi，海市蜃楼，nuCpos，RNAmodR。AlkAnilineSeq，rpx，rTRM，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP149.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP150.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP151.GRCh38，treeio，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38，XVector
链接到我	解读，烤肉串，MatrixRider，Rsamtools，ShortRead，三层，VariantAnnotation，VariantFiltering
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	Biostrings_2.54.0.tar.gz
Windows二进制	Biostrings_2.54.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	Biostrings_2.54.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Biostrings
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Biostrings
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Biostrings/
软件包下载报告	下载数据