BiocOncoTK

DOI:10.18129 / B9.bioc.BiocOncoTK

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅BiocOncoTK

Bioconductor组件一般癌症基因组学

Bioconductor版本:3.10

为公司提供中央接口的各种工具分析癌症的研究。

作者:文斯凯里

维修工:VJ凯里< stvjc channing.harvard.edu >

从内部引用(R,回车引用(“BiocOncoTK”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BiocOncoTK”)

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文档

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HTML R脚本 为Bioconductor BiocOncoTK——面向癌症的组件
HTML R脚本 curatedMSIData概述
HTML R脚本 映射TCGA肿瘤NCIT代码
PDF 参考手册

细节

biocViews CopyNumberVariation,CpGIsland,DNAMethylation,GeneExpression,GeneticVariability,ImmunoOncology,单核苷酸多态性,软件,转录
版本 1.6.0
Bioconductor自 BioC 3.7 (r - 3.5)(2年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(> = 3.6.0)方法
进口 ComplexHeatmap,S4Vectors,bigrquery,闪亮的统计数据,httr,rjson,dplyr,magrittr、网格跑龙套,DT,GenomicRanges,IRanges,ggplot2,SummarizedExperiment,DBI,GenomicFeatures,curatedTCGAData,尺度,ggpubr,plyr,,,Rgraphviz
链接
建议 knitr,dbplyr,org.Hs.eg.db,MultiAssayExperiment,BiocStyle,ontoProc,ontologyPlot,pogo,GenomeInfoDb,restfulSE(> = 1.3.7),BiocFileCache,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,Biobase,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene,reshape2,testthat,AnnotationDbi,FDb.InfiniumMethylation.hg19,EnsDb.Hsapiens.v75
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

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源包 BiocOncoTK_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 BiocOncoTK_1.5.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) BiocOncoTK_1.6.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiocOncoTK
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BiocOncoTK
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/BiocOncoTK/
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