BioQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.BioQC

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅BioQC。

检测组织异质性与基因表达谱集

Bioconductor版本:3.10

BioQC执行质量控制的高通量基因表达数据基于组织签名。它可以检测组织基因表达数据中的异质性。算法的核心是一个Wilcoxon-Mann-Whitney测试是高性能的优化。

作者:大卫Jitao张< jitao_david。张在roche.com >,Laura Badi, Gregor Sturm, Roland Ambs

维修工:Jitao大卫张< jitao_david。张在roche.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BioQC”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“BioQC”)

HTML	R脚本	BioQC完成:加快Wilcoxon-Mann-Whitney测试
HTML	R脚本	BioQC:检测组织基因表达数据中的异质性
HTML	R脚本	用BioQC genesets签署
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,GeneSetEnrichment,质量控制,软件,StatisticalMethod
版本	1.14.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(4年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	Biobase
进口	刨边机,Rcpp、方法、统计跑龙套
链接	Rcpp
建议	testthat,knitr,rmarkdown,晶格,latticeExtra,rbenchmark,gplots,gridExtra,org.Hs.eg.db,ineq,covr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	BioQC_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	BioQC_1.14.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	BioQC_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BioQC
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BioQC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BioQC/
包下载报告	下载数据