BiFET

DOI:10.18129 / B9.bioc.BiFET

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见BiFET．

无偏差足迹富集测试

Bioconductor版本:3.10

在校正了目标区域和背景区域之间读取计数和GC含量不平衡引起的偏差后，BiFET识别出目标区域与背景区域相比足迹过度代表的tf。对于给定的TF k, BiFET测试零假设，即目标区域具有与背景区域相同的TF k足迹概率，同时校正读取计数和GC内容偏差。为此，我们使用TF k, t_k具有足迹的目标区域的数量作为检验统计量，并计算p值作为在零假设下观察到t_k或更多具有足迹的目标区域的概率。

作者:Ahrim Youn [aut, cre]， Eladio Marquez [aut]， Nathan Lawlor [aut]， Michael Stitzel [aut]， Duygu Ucar [aut]

维护者:Ahrim Youn

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("BiFET")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“BiFET”)

超文本标记语言	R脚本	BiFET使用指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq，DNaseSeq，表观遗传学，GeneRegulation，遗传学，ImmunoOncology，RIPSeq，软件，转录
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(2年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	统计数据,poibin，GenomicRanges
链接
建议	testthat，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	BiFET_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	BiFET_1.6.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	BiFET_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiFET
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BiFET
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BiFET/
软件包下载报告	下载数据