BadRegionFinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.BadRegionFinder

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见BadRegionFinder．

BadRegionFinder:一个R/Bioconductor包，用于识别覆盖不良的区域

Bioconductor版本:3.10

BadRegionFinder是一个包，用于在可用的bam文件中的序列对齐数据中识别坏的、可接受的和好的覆盖区域。整个基因组可以看作是一组目标区域。各种可视和文本类型的输出是可用的。

作者:Sarah Sandmann

维护者:Sarah Sandmann < Sarah。桑德曼在uni-muenster.de>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("BadRegionFinder")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“BadRegionFinder”)

PDF	R脚本	使用BadRegionFinder
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，分类，报道，测序，软件，WholeGenome
版本	1.14.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(4年)
许可证	LGPL-3
取决于
进口	VariantAnnotation，Rsamtools，biomaRt，GenomicRanges，S4Vectors， utils，统计，grDevices，图形
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	BadRegionFinder_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	BadRegionFinder_1.14.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	BadRegionFinder_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BadRegionFinder
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BadRegionFinder
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BadRegionFinder/
软件包下载报告	下载数据