BBCAnalyzer

DOI:10.18129 / B9.bioc.BBCAnalyzer

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见BBCAnalyzer．

BBCAnalyzer: R/Bioconductor用于可视化碱基计数的软件包

Bioconductor版本:3.10

BBCAnalyzer是一个包，用于可视化序列比对数据中定义位置上的碱基、删除和插入的相对或绝对数量，可以作为bam文件与参考碱基进行比较。相对碱基频率、检测到的碱基的平均质量、数据中所称的已知突变或多态性和变体的标记也可包括在图中。

作者:Sarah Sandmann

维护者:Sarah Sandmann < Sarah。桑德曼在uni-muenster.de>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("BBCAnalyzer")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“BBCAnalyzer”)

PDF	R脚本	使用BBCAnalyzer
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，报道，GeneticVariability，单核苷酸多态性，测序，软件
版本	1.16.0
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(4.5年)
许可证	LGPL-3
取决于
进口	SummarizedExperiment，VariantAnnotation，RsamtoolsgrDevices,GenomicRanges，IRanges，Biostrings
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	BBCAnalyzer_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	BBCAnalyzer_1.16.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	BBCAnalyzer_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BBCAnalyzer
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BBCAnalyzer
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BBCAnalyzer/
软件包下载报告	下载数据