ArrayTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.ArrayTools

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见ArrayTools．

基因芯片分析包

Bioconductor版本:3.10

该软件包旨在为Affymetrix GeneChips提供质量评估和检测差异表达基因的解决方案，包括3' -阵列和基因1.0-ST阵列。该软件包生成HTML格式的综合分析报告。报告页面上的超链接将指向一系列QC图、处理过的数据和差异表达基因列表。差异表达基因报告在表格格式与注释超链接到在线生物数据库。

作者:吴锡伟，Arthur Li

维护者:Arthur Li

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ArrayTools”)

PDF	R脚本	1.底漆
PDF		参考手册

细节

biocViews	注释,DifferentialExpression,微阵列,OneChannel,预处理,质量控制,ReportWriting,软件,StatisticalMethod,可视化
版本	1.46.0
在Bioconductor	BioC 2.3 (R-2.8)(11.5年)
许可证	LGPL (>= 2.0)
取决于	R (>= 2.7.0)，affy(> = 1.23.4),Biobase(>= 2.5.5)，方法
进口	affy,Biobase，图形，grDevices，limma，方法，统计，utils，xtable
链接
建议	simpleaffy,R2HTML,affydata,affyPLM,genefilter,annaffy,gcrma,hugene10sttranscriptcluster.db
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ArrayTools_1.46.0.tar.gz
Windows二进制	ArrayTools_1.46.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	ArrayTools_1.46.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ArrayTools
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ArrayTools
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ArrayTools/
软件包下载报告	下载数据