ArrayTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.ArrayTools

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见ArrayTools

基因芯片分析包

Bioconductor版本:3.10

该软件包旨在为Affymetrix GeneChips提供质量评估和检测差异表达基因的解决方案,包括3' -阵列和基因1.0-ST阵列。该软件包生成HTML格式的综合分析报告。报告页面上的超链接将指向一系列QC图、处理过的数据和差异表达基因列表。差异表达基因报告在表格格式与注释超链接到在线生物数据库。

作者:吴锡伟,Arthur Li

维护者:Arthur Li

引文(从R内,输入引用(“ArrayTools”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“ArrayTools”)

PDF R脚本 1.底漆
PDF 参考手册

细节

biocViews 注释,DifferentialExpression,微阵列,OneChannel,预处理,质量控制,ReportWriting,软件,StatisticalMethod,可视化
版本 1.46.0
在Bioconductor BioC 2.3 (R-2.8)(11.5年)
许可证 LGPL (>= 2.0)
取决于 R (>= 2.7.0),affy(> = 1.23.4),Biobase(>= 2.5.5),方法
进口 affy,Biobase,图形,grDevices,limma,方法,统计,utils,xtable
链接
建议 simpleaffy,R2HTML,affydata,affyPLM,genefilter,annaffy,gcrma,hugene10sttranscriptcluster.db
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 ArrayTools_1.46.0.tar.gz
Windows二进制 ArrayTools_1.46.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) ArrayTools_1.46.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ArrayTools
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ArrayTools
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ArrayTools/
软件包下载报告 下载数据

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Bioconductor

R/凹口包和文档

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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网