AneuFinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.AneuFinder

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅AneuFinder。

拷贝数变异Single-Cell-Sequencing数据分析

Bioconductor版本:3.10

AneuFinder实现功能人类基因组检测、断点检测,核型和异质性分析单细胞全基因组测序和strand-seq数据。

作者:亚伦Taudt,他比约恩·大卫Porubsky

维护人员:亚伦Taudt <亚伦。在gmail.com taudt >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“AneuFinder”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“AneuFinder”)

PDF	R脚本	快速AneuFinder概论
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation,GenomicVariation,HiddenMarkovModel,ImmunoOncology,测序,SingleCell,软件,WholeGenome
版本	1.14.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5),GenomicRanges,ggplot2,cowplot,AneuFinderData
进口	方法、跑龙套grDevices、图形数据,foreach,doParallel,BiocGenerics(> = 0.31.6),S4Vectors,GenomeInfoDb,IRanges,Rsamtools,bamsignals,DNAcopy,ecp,Biostrings,GenomicAlignments,reshape2,ggdendro,ggrepel,ReorderCluster,mclust
链接
建议	knitr,BiocStyle,testthat,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ataudt/aneufinder.git
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	AneuFinder_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	AneuFinder_1.14.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	AneuFinder_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AneuFinder
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ AneuFinder
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/AneuFinder/
包下载报告	下载数据