AUCell

DOI:10.18129 / B9.bioc.AUCell

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅AUCell。

AUCell:单细胞分析的基因集活动RNA-seq数据(如识别细胞与特定的基因签名)

Bioconductor版本:3.10

AUCell允许识别细胞活跃基因集(如签名,基因模块…)在单细胞RNA-seq数据。AUCell使用“曲线下的面积(AUC)计算的一个重要子集是否输入基因集富集在每个细胞的基因表达。AUC分数的分布在所有细胞允许探索的相对表达签名。自评分方法是排行第三,AUCell是基因表达的独立单位和规范化过程。此外,由于细胞单独评估,它可以很容易地应用到更大的数据集,构造子集矩阵的表达式。

作者:Sara Aibar, Aerts斯坦。计算生物学的实验室。VIB-KU鲁汶大脑与疾病研究中心。比利时鲁汶。

维护人员:莎拉Aibar <萨拉。在kuleuven.vib.be aibar >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“AUCell”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“AUCell”)

HTML	R脚本	AUCell:识别细胞活跃的基因集
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,GeneSetEnrichment,归一化,SingleCell,软件,转录,转录组,WorkflowStep
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	data.table、图形、grDevicesGSEABase、方法、mixtools,R.utils,闪亮的统计数据,SummarizedExperiment,BiocGenerics,S4Vectors,跑龙套
链接
建议	Biobase,BiocStyle,devtools,dynamicTreeCut,DT,GEOquery,knitr,NMF,情节,R2HTML,rbokeh,rmarkdown,Rtsne,testthat,动物园
SystemRequirements
增强了	doMC,doRNG,doParallel,foreach
URL	http://scenic.aertslab.org
取决于我
进口我	RcisTarget
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	AUCell_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	AUCell_1.8.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	AUCell_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AUCell
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ AUCell
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/AUCell/
包下载报告	下载数据