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APAlyzer
DOI:10.18129 / B9.bioc.APAlyzer
这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅APAlyzer。
APA的工具包使用RNA-seq数据分析
Bioconductor版本:3.10
执行3 'utr APA, Intronic APA使用RNA-seq数据和基因表达分析。
作者:王Ruijia (cre, aut)
,本田(aut)
维护人员:王Ruijia < rjwang。在gmail.com bioinfo >
从内部引用(R,回车引用(“APAlyzer”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“APAlyzer”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“APAlyzer”)
| HTML | R脚本 | APAlyzer:工具箱RNA-seq APA分析 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 注释,DataImport,DifferentialExpression,GeneExpression,GeneRegulation,RNASeq,测序,软件 |
| 版本 | 1.0.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.10 (r - 3.6)(< 6个月) |
| 许可证 | LGPL-3 |
| 取决于 | |
| 进口 | GenomicRanges,GenomicFeatures,GenomicAlignments,DESeq,SummarizedExperiment,Rsubread、统计数据、方法 |
| 链接 | |
| 建议 | knitr,rmarkdown,BiocStyle,org.Mm.eg.db,AnnotationDbi,TBX20BamSubset,Rsamtools,ggplot2,testthat |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/RJWANGbioinfo/APAlyzer/ |
| BugReports | https://github.com/RJWANGbioinfo/APAlyzer/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | APAlyzer_1.0.0.tar.gz |
| Windows二进制 | APAlyzer_1.0.0.zip |
| Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | APAlyzer_1.0.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/APAlyzer |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ APAlyzer |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/APAlyzer/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
