ALDEx2

DOI:10.18129 / B9.bioc.ALDEx2

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ALDEx2

微分丰富考虑样本变异分析

Bioconductor版本:3.10

微分丰富分析的比较两个或两个以上的条件。用于分析的数据标准RNA-seq或meta-RNA-seq化验以及选择和从体外序列选择未经选择的值。使用Dirichlet-multinomial模型推断出从数量丰富,优化了实验复制三个或更多。生物和抽样推断方法变化计算预期的错误发现率,考虑到变化,基于Wilcoxon秩和检验和韦尔奇t(通过aldex.ttest),克鲁斯卡尔-沃利斯测试(通过aldex.kw),广义线性模型(通过aldex.glm),或相关测试(通过aldex.corr)。所有测试报告假定值和Benjamini-Hochberg假定值修正。

作者:安德鲁·费尔南德斯格雷格•Gloor Jean Macklaim阿里亚艾伯特,马特链接,托马斯•奎因佳荣,露丝Grace Wong布兰登Lieng

维护人员:格雷格Gloor < ggloor在uwo.ca >

从内部引用(R,回车引用(“ALDEx2”)):

安装

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PDF R脚本 ANOVA-Like微分表达式为高通量测序数据的工具
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文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 贝叶斯,ChIPSeq,DNASeq,DifferentialExpression,GeneExpression,ImmunoOncology,宏基因组,微生物组,RNASeq,测序,软件,转录组
版本 1.18.0
Bioconductor自 BioC 3.0 (r - 3.1)(5.5年)
许可证 文件许可证
取决于 方法,统计数据
进口 BiocParallel,GenomicRanges,IRanges,S4Vectors,SummarizedExperiment,
链接
建议 testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/ggloor/ALDEx_bioc
BugReports https://github.com/ggloor/ALDEx_bioc/issues
取决于我 omicplotR
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包档案

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源包 ALDEx2_1.18.0.tar.gz
Windows二进制 ALDEx2_1.18.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) ALDEx2_1.18.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ALDEx2
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ALDEx2
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ALDEx2/
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