ADaCGH2

DOI:10.18129 / B9.bioc.ADaCGH2

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见ADaCGH2。

利用并行计算和ff对象分析aCGH实验大数据

Bioconductor版本:3.10

阵列CGH数据的分析与绘制。允许使用圆形二进制分割，基于小波的平滑(包括Liu等人，以及Ben-Yaacov和Eldar中的HaarSeg)， HMM, BioHMM, GLAD, CGHseg。大多数计算是并行的(通过分叉或集群，包括MPI和套接字集群)，并使用ff存储数据。

作者:Ramon Diaz-Uriarte 和Oscar M. Rueda < Rueda。Om在gmail.com>。基于小波的aCGH平滑代码从李Hsu 和道格拉斯格罗夫。Imagemap代码从Barry Rowlingson 。HaarSeg代码来自Erez Ben-Yaacov;下载自。

维护者:Ramon Diaz-Uriarte

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ADaCGH2”)

PDF	R脚本	ADaCGH2概述
PDF		ADaCGH2-long-examples.pdf
PDF		benchmarks.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariants，微阵列，软件
版本	2.26.0
在Bioconductor	BioC 2.7 (R-2.12)(9.5年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R(>= 3.2.0)，平行，ff，很高兴
进口	位，ffbase，DNAcopy，tilingArray，waveslim，集群，aCGH，snapCGH
链接
建议	CGHregions，开罗，limma
SystemRequirements
增强了	Rmpi
URL	https://github.com/rdiaz02/adacgh2
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ADaCGH2_2.26.0.tar.gz
Windows二进制	ADaCGH2_2.26.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	ADaCGH2_2.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ADaCGH2
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ADaCGH2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ADaCGH2/
软件包下载报告	下载数据