亚当

DOI:10.18129 / B9.bioc.ADAM

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见亚当．

ADAM:活性和多样性分析模块

Bioconductor版本:3.10

ADAM是一个GSEA R包，用于将来自不同物种的比较样本(对照与实验)的一组基因按照各自的功能(默认为基因本质论和KEGG途径)分组，并通过计算参考基因多样性和活性的p值来显示其重要性。每组基因被称为GFAG(功能相关基因组)。

作者:André Luiz Molan ，佐丹奴Bruno Sanches Seco <佐丹奴。布鲁诺在unesp。br>， Agnes Alessandra Sekijima Takeda < Agnes。武田在unesp。br>， Jose Luiz Rybarczyk Filho < Jose。路易斯在unesp.br>

维护者:Jose Luiz Rybarczyk Filho < Jose。路易斯在unesp.br>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ADAM")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“亚当”)

超文本标记语言	R脚本	用亚当
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneSetEnrichment，KEGG，通路，软件
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(1年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R(>= 3.5)，统计，utils，方法
进口	Rcpp(> = 0.12.18),GO.db(> = 3.6.0),KEGGREST(> = 1.20.2),knitr，pbapply(> = 1.3 4),dplyr(> = 0.7.6),DT(> = 0.4),stringr(> = 1.3.1),SummarizedExperiment(> = 1.10.1)
链接	Rcpp
建议	testthat
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL
全靠我	ADAMgui
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ADAM_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	ADAM_1.2.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	ADAM_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ADAM
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ADAM
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ADAM/
软件包下载报告	下载数据