这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ShortRead。
Bioconductor版本:3.10
这个方案实现了采样、迭代和FASTQ文件的输入。军售计划包括函数过滤和削减读取,并生成一个质量评估报告。数据被表示为DNAStringSet-derived对象,很容易操纵的多样性的目的。包还包含遗留支持早期的单头,ungapped对齐格式。
作者:马丁·摩根,迈克尔·劳伦斯,西蒙安德斯
维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >
从内部引用(R,回车引用(“ShortRead”)
):
安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ShortRead”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“ShortRead”)
R脚本 | 介绍ShortRead | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DataImport,质量控制,测序,软件 |
版本 | 1.44.3 |
Bioconductor自 | BioC 2.3 (r - 2.8)(11.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | BiocGenerics(> = 0.23.3),BiocParallel,Biostrings(> = 2.47.6),Rsamtools(> = 1.31.2),GenomicAlignments(> = 1.15.6) |
进口 | Biobase,S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),GenomeInfoDb(> = 1.15.2),GenomicRanges(> = 1.31.8),hwriter、方法、zlibbioc,晶格,latticeExtra |
链接 | S4Vectors,IRanges,XVector,Biostrings |
建议 | BiocStyle,RUnit,biomaRt,GenomicFeatures,yeastNagalakshmi |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | chipseq,EatonEtAlChIPseq,EDASeq,esATAC,girafe,HTSeqGenie,NestLink,OTUbase,Rqc,segmentSeq,测序,systemPipeR |
进口我 | amplican,ArrayExpressHTS,basecallQC,击败,chipseq,ChIPseqR,ChIPsim,dada2,easyRNASeq,FastqCleaner,哥特,icetea,电离,MACPET,ngsReports,诊断,QuasR,R453Plus1Toolbox,RSVSim,颈背 |
建议我 | BiocParallel,CSAR,DBChIP,GenomicAlignments,Genominator,HiCDataLymphoblast,图片,平,Repitools,Rsamtools,S4Vectors,yeastRNASeq |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | ShortRead_1.44.3.tar.gz |
Windows二进制 | ShortRead_1.44.3.zip |
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | ShortRead_1.44.3.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ShortRead |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ShortRead |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ShortRead/ |
包下载报告 | 下载数据 |