要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
这个包适用于Bioconductor 3.1版;有关稳定的最新发布版本,请参见SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815.
Bioconductor版本:3.1
从NCBI dbSNP Build 134中提取的智人SNP位点和等位基因用于此包的源数据文件由NCBI于2011年8月15日创建,包含映射到参考基因组GRCh37.p2的snp。警告:请注意,GRCh37。p2基因组是GRCh37的补丁版本,但补丁不会改变染色体1-22,X, Y, MT。GRCh37本身与UCSC的hg19基因组*相同*除了线粒体染色体。因此,该包中的snp可以被“注入”到bsgenome . hspiens . ucsc中。hg19,它们将降落在正确的位置,但这种注入将排除chrM(即没有任何东西将以该顺序注入)。
作者:Herve Pages
维护:H. Pages
引文(从R内,输入引用(“SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815”)
参考手册 |
biocViews | AnnotationData,遗传学,Homo_sapiens |
版本 | 0.99.7 |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (>= 2.10),IRanges,GenomicRanges |
进口 | 方法,S4Vectors,IRanges,GenomicRanges |
链接 | |
建议 | Biostrings,BSgenome(> = 1.16.1),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | VariantAnnotation |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815_0.99.7.tar.gz |
Windows二进制 | |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |