### r代码来自Vignette Source'Insilicodb.rnw'############################################################ ###代码块数字1：example_getdatasets ###############################################################Insilicologin（“ rpackage_tester@insilicodb.com”，“ 5C4D0B231E5CBA4A0BC54783B385CC9A”）;res = getDatasets（“ GSE4635”）;eset = res [[1];#############################＃##代码块数字2：example_getDataset ########################################################################################＃##代码块数字3：example_getPlatforms ############################################################ platforms = getPlatforms（“ GSE4635”）;打印（平台）; ################################################### ### code chunk number 4: example_heatmap ################################################### #eset = getDataset("GSE4635", "GPL96", features = "gene"); #heatmap(exprs(eset)[1:100,]); library("limma") eset = getDataset("GSE4635", "GPL96", norm="FRMA", features = "gene"); # Find 50 most discriminating genes f = pData(eset)[ ,"Smoker"] design = model.matrix(~f); fit = eBayes(lmFit(eset,design)); t = topTable(fit, coef=2, number=50); selected = is.element(rownames(exprs(eset)), t[ ,"SYMBOL"]) eset = eset[selected, ]; labels = pData(eset)[,"Smoker"]; heatmap(exprs(eset), labCol=labels); ################################################### ### code chunk number 5: example_getAnnotations ################################################### annot = getAnnotations("GSE4635", "GPL96"); pData(annot); ################################################### ### code chunk number 6: example_getDataset_norm ################################################### eset = getDataset("GSE4635", "GPL96", norm="FRMA"); ################################################### ### code chunk number 7: example_getDataset_genes ################################################### eset = getDataset("GSE4635", "GPL96"); print(nrow(eset)); eset = getDataset("GSE4635", "GPL96", features="gene"); print(nrow(eset)); ################################################### ### code chunk number 8: example_analysis ################################################### lst = list("GSE4635", "GSExxx", "GSE781"); gpl = "GPL96"; for(gse in lst) { catn = function(...) { cat(...,"\n"); } catn("Processing",gse); catn("======================="); eset = tryCatch({getDataset(gse, gpl);}, error = function(x) { print(as.character(x)); NULL; }); if(is.null(eset)) { next; } catn("Number of annotations:"); catn(ncol(pData(eset))); catn("Number of missing values:"); catn(sum(is.na(exprs(eset)))); } ################################################### ### code chunk number 9: inSilicoDb.Rnw:147-148 ################################################### sessionInfo()