### R代码从vignette源的SigFuge。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:风格 ################################################### BiocStyle:乳胶 () ################################################### ### 代码块2号:SigFuge。Rnw: 49-56 ################################################### 库(SigFuge) geneAnnot < -农庄(seqnames = Rle(“chr9”,5),范围= IRanges(开始= c(21967751, 21967751, 21970901, 21974403, 21994138),结束= c(21968241, 21968241, 21971207, 21975132, 21994490)),链= Rle(链(“-”),5))geneAnnot ################################################### ### 代码块3号:SigFuge。Rnw: 61 - 73 ################################################### 图书馆(org.Hs.eg.db)图书馆(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene) genesym < - c(“CDKN2A”)geneid < -选择(org.Hs.eg.db、钥匙= genesym keytype =“象征”,列=“ENTREZID”)txdb < - TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19。knownGene < - exonsBy交货(txdb“基因”)geneAnnot < - ex [[geneid ENTREZID美元[1]]]geneAnnot geneAnnot < -减少geneAnnot (geneAnnot) ################################################### ### 代码块数量4:SigFuge。Rnw:78-99 ################################################### library(Rsamtools) library(prebsdata) geneAnnot <- GRanges(seqnames=Rle("20"， 9)， ranges=IRanges(start=c(49551405,49552685,49557402,49558568,49562274, 49562384,49565166,49571723,49574900)， end=c(49551773,49552799,49557492,49558663,49562299, 49562460,49565199,49571822,49575060))， strand=Rle(strand("-")， 9)) bam_file1 <- system.file(文件。Path ("sample_bam_files"， "input1.bam")， package="prebsdata") bam_file2 <- system.file(file. file)路径(“sample_bam_files”、“input2.bam”),包=“prebsdata”)sorted1 < - sortBam (bam_file1, tempfile ()) indexBam (sorted1) sorted2 < - sortBam (bam_file2, tempfile ()) indexBam sorted2 bam_files < - c (sorted1 sorted2 ) ################################################### ### 代码块5号:SigFuge。Rnw: 104 - 120 ################################################### calcInfo < < -应用-函数(x){信息(x[[“seq”]],2,函数(y) {y < - y [c(“A”、“c”、“G”、“T”),,放弃= FALSE)总经理汇报< - colSums (y)})信息}参数< - ApplyPileupsParam(这= geneAnnot = c(“seq”、“定性”),yieldBy =“位置”,yieldAll = TRUE) fls的< - PileupFiles (bam_files参数=参数)res < - applyPileups (fls的、calcInfo param =参数)geneDepth < - T (do.call (cbind res)) colnames (geneDepth) < - c(“Sample1”、“Sample2”)geneDepth [500:505,] ################################################### ### 代码块6号:SigFuge。Rnw: 131 - 133 ################################################### 数据(geneAnnot)数据(geneDepth ) ################################################### ### 代码块7号:SigFuge。Rnw: 139 - 144 ################################################### genename < -“CDKN2A mdata < - geneDepth [, 101:150] SFfigure(数据= mdata locusname = genename annot = geneAnnot lplots = 1:3, savestr = genename titlestr = " CDKN2A轨迹,LUSC样本 ") ################################################### ### 代码块8号:SigFuge。Rnw: 179 - 183 (eval = FALSE ) ################################################### ## genename < -“CDKN2A”# # SFfigure (data = mdata locusname = genename, # # annot = geneAnnot lplots = 4, savestr =“CDKN2A_individual_curves”,# # titlestr = " CDKN2A轨迹,LUSC样本 ") ################################################### ### 代码块9号:SigFuge。Rnw: 189 - 191 ################################################### 输出< - SFpval output@pvalnorm (mdata) ################################################### ### 代码块10号:SigFuge。Rnw:199-202 ################################################### norm <- SFnormalize(mdata) labels <- SFlabels(norm) labels[1:10] ################################################### ### code chunk number 11: SigFuge.Rnw:207-219 (eval = FALSE) ################################################### ## exp.data <- mdata[,-which(norm$flag == 1)] ## labels <- labels[-which(norm$flag == 1)] ## ## SFfigure(exp.data, locusname=genename, annot=geneAnnot, ## data.labels=labels, flag=0, lplots=2, ## savestr="Raw_CDKN2A", titlestr="Raw coverage", ## pval=0) ## ## SFfigure(norm$data.norm, locusname=genename, annot=geneAnnot, ## data.labels=labels, flag=0, lplots=2, ## savestr="Norm_CDKN2A", titlestr="Normalized coverage", ## pval=0)