### R代码从vignette源的快速启动。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:阅读 ################################################### 库(SBMLR) curto = readSBML(系统。文件(“模型”、“curto.xml”、包=“SBMLR”))((curto)总结美元反应 ) ################################################### ### 代码块2号:保存 ################################################### saveSBML (curto curto.xml) saveSBMLR (curto.r curto。 ") ################################################### ### 代码块3号:平等 ################################################### curtoX = readSBML(“curto.xml”)curtoR = readSBMLR (curto.r)头((curtoX = = curtoR)物种美元)((curtoX = = curtoR)反应 ) ################################################### ### 代码块4号:模拟 ################################################### 着干活= sim (curto seq (-20 0,1)) curto物种PRPP ic = 50美元美元out2 = sim (curto 0:70) = data.frame (rbind(着干活,out2))附加(出局)标准(mfrow = c(2, 1))图(时间、IMP类型=“l”,xlab =“分钟”,ylab =“IMP(嗯)”)的阴谋(时间、HX类型=“l”,xlab =“分钟”,ylab =“HX(嗯)”)标准(mfrow = c(1,1))分离(出局 ) ################################################### ### 代码块5号:bumpLessXfer ################################################### curto物种PRPP ic美元美元= 5 # PRPP ic回到原来的价值sim (curto,(-10): 10,调制器=代表(2,37))#无扰转移因为所有V浓度增加2 ################################################### ### 代码块6号:不稳定 ################################################### sim (curto,(-10): 10、调制器= c(代表(1.1,20),代表(0.9,17)))#,一半一半,不是无扰 ################################################### ### 代码块7号:folateSim ################################################### morr = readSBML (file.path(执行(包=“SBMLR”),模型/ morrison.xml))着干活= sim (morr, seq (-20 0,1)) morr物种EMTX美元$ ic = 1 #甲氨蝶呤的丸1嗯out2 = sim (morr,破发)出局= data.frame (rbind(着干活,out2))附加(出局)标准(mfrow = c(3、4)图(时间、FH2b类型=“l”,xlab =“小时”)图(时间、FH2f类型=“l”,xlab =“小时”)图(时间、DHFRf类型=“l”,xlab =“小时”)图(时间、DHFRtot类型=“l”,xlab =“小时”)图(时间、CHOFH4类型=“l”,xlab =“小时”)图(时间、FH4类型=“l”,xlab =“小时”)图(时间、CH2FH4类型=“l”,xlab =“小时”)情节(时间、CH3FH4类型=“l”,xlab =“小时”)图(时间、AICARsyn类型=“l”,xlab =“小时”)图(时间、地铁、类型=“l”,xlab =“小时”)图(时间、TYMS类型=“l”,xlab =“小时”)#地块(时间、EMTX类型=“l”,xlab =“小时”)图(时间、DHFReductase类型=“l”,xlab =“小时”)标准(mfrow = c(1,1))分离(出局 ) ################################################### ### 代码块8号:summaryDump ################################################### 总结(curto) curto