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Systempiper.
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此包是Biocumonds 3.1版;对于稳定的最新版本版本，请参阅Systempiper.。
Systempiper：NGS工作流程和报告生成环境
Bioconductor版本：3.1
R包装用于建立具有自动报告的端到端分析管道，用于下一代序列（NGS）应用，如RNA-SEQ，CHIP-SEQ，VAR-SEQ和RIBO-SEQ。一个重要的功能是支持运行命令行软件，例如NGS对齐器，在单个计算机上或计算群集。使用SystemPiper的说明在概述Vignette（HTML）中给出。下面链接的剩余渐晕是用于共同NGS使用情况的工作流模板。
作者：Thomas Girke
维护者：Thomas Girke
引文（从R内，输入引文（“Systempiper”））：
安装
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文件
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Browsevignettes（“Systempiper”）
| PDF. | r script. | CHIP-SEQ报告模板 |
| PDF. | r script. | RNA-SEQ报告模板 |
| PDF. | r script. | var-seq报告模板 |
| HTML. | r script. | 概述小插图 |
| PDF. | 参考手册 | |
| 文本 | 自述 |
细节
| Biocviews. | 结盟那chipseq.那覆盖范围那DataImport.那基因表达那GenesetenRichment.那遗传学那基础设施那Methylseq.那QualityControl.那rnaseq.那SNP.那测序那软件 |
| 版本 | 1.2.23 |
| 在生物导体中以来 | BIOC 3.0（R-3.1）（1.5年） |
| 执照 | 艺术-2.0 |
| 依靠 | RSAMTOOLS.那生物仪器那缩短， 方法 |
| 进口 | 生物根系那Genomicranges.那基因管理那VariantAnnotation.那rjson.， 网格，ggplot2.那林马那edger.那deseq2.那古司裤那go.db.那注释那Pheatmap.那Batchjobs. |
| 链接到 | |
| 建议 | 猿那运行那生物焦那kn那RAMAMAMDOW.那生物雕那基因组法那生物相投 |
| 系统要求 | Systempiper可用于运行外部命令行软件（例如，短读对准器），但需要在系统上安装相应的工具。 |
| 加强 | |
| URL. | https://github.com/tgirke/systempiper. |
| 取决于我 | |
| 进口我 | 困惑 |
| 建议我 | |
| 建立报告 |
包档案包
跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。
| 包来源 | systempiper_1.2.23.tar.gz. |
| Windows二进制文件 | systempiper_1.2.23.zip. |
| Mac OS x 10.6（雪豹） | systempiper_1.2.23.tgz. |
| Mac OS x 10.9（mavericks） | systempiper_1.2.23.tgz. |
| subversion源 | （用户名/密码：ReadOnly） |
| git源 | https://github.com/biocumon-mirror/systempiper/tree/release-3.1 |
| 包短网址 | http://biocidodder.org/packages/systempiper/ |
| 包裹下载报告 | 下载统计信息 |
