要安装此软件包,请启动R并输入:

##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ semgentSeq”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包装存档。

片段

此软件包适用于生物导体的3.1版;对于稳定的最新版本,请参阅片段

从高通量测序数据中识别小RNA基因座的方法

生物导体版本:3.1

高通量测序技术允许生产大量的短序列,可以将其与基因组排列,以创建与基因组的一组匹配。通过寻找匹配密度高的基因组区域,我们可以推断将基因组分割为生物学意义的区域。此软件包中的方法允许考虑重复数据,以创建共识分割,同时从多个样本中分割数据。这在许多类别的测序实验中具有明显的应用,特别是在发现小的RNA基因座和新型mRNA转录组发现中。

作者:Thomas J. Hardcastle

维护者:thomas J. Hardcastle

引用(从r内,输入引用(“ segmentseq”)):

安装

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##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ semgentSeq”)

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ segmentSeq”)

PDF R脚本 片段:小RNA基因座检测
PDF R脚本 SegmentsSeq:甲基化基因座鉴定
PDF 参考手册

细节

生物浏览 结盟,,,,DataImport,,,,差异性,,,,多重组合,,,,QualityControl,,,,测序,,,,软件
版本 2.2.2
在生物导体中 Bioc 2.6(R-2.11)(6年)
执照 GPL-3
要看 r(> = 2.3.0),方法,贝塞克(> = 1.99.0),Shortread,,,,基因组机,,,,iranges,,,,S4VECTORS
进口 图形,grdevices,utils
链接
建议 生物使用,,,,生物基因
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

包源 segmentseq_2.2.2.2.2.tar.gz
Windows二进制 segmentSeq_2.2.2.2.zip
Mac OS X 10.6(雪豹) segmentseq_2.2.2.2.tgz
Mac OS X 10.9(Mavericks) segmentseq_2.2.2.2.tgz
颠覆源 (用户名/密码:ReadOnly)
git源 https://github.com/bioconductor-mirror/sementseq/tree/release-3.1
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/sementseq/
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