要安装此软件包,请启动R并输入:
##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ semgentSeq”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包装存档。
此软件包适用于生物导体的3.1版;对于稳定的最新版本,请参阅片段。
生物导体版本:3.1
高通量测序技术允许生产大量的短序列,可以将其与基因组排列,以创建与基因组的一组匹配。通过寻找匹配密度高的基因组区域,我们可以推断将基因组分割为生物学意义的区域。此软件包中的方法允许考虑重复数据,以创建共识分割,同时从多个样本中分割数据。这在许多类别的测序实验中具有明显的应用,特别是在发现小的RNA基因座和新型mRNA转录组发现中。
作者:Thomas J. Hardcastle
维护者:thomas J. Hardcastle
引用(从r内,输入引用(“ segmentseq”)
):
要安装此软件包,请启动R并输入:
##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ semgentSeq”)
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
browsevignettes(“ segmentSeq”)
R脚本 | 片段:小RNA基因座检测 | |
R脚本 | SegmentsSeq:甲基化基因座鉴定 | |
参考手册 |
生物浏览 | 结盟,,,,DataImport,,,,差异性,,,,多重组合,,,,QualityControl,,,,测序,,,,软件 |
版本 | 2.2.2 |
在生物导体中 | Bioc 2.6(R-2.11)(6年) |
执照 | GPL-3 |
要看 | r(> = 2.3.0),方法,贝塞克(> = 1.99.0),Shortread,,,,基因组机,,,,iranges,,,,S4VECTORS |
进口 | 图形,grdevices,utils |
链接 | |
建议 | 生物使用,,,,生物基因 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
包源 | segmentseq_2.2.2.2.2.tar.gz |
Windows二进制 | segmentSeq_2.2.2.2.zip |
Mac OS X 10.6(雪豹) | segmentseq_2.2.2.2.tgz |
Mac OS X 10.9(Mavericks) | segmentseq_2.2.2.2.tgz |
颠覆源 | (用户名/密码:ReadOnly) |
git源 | https://github.com/bioconductor-mirror/sementseq/tree/release-3.1 |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/sementseq/ |
软件包下载报告 | 下载统计 |