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这个包适用于Bioconductor 3.1版;有关稳定的最新发布版本，请参见paxtoolsr．

PaxtoolsR:通过BioPAX和Pathway Commons访问多个数据库的路径

Bioconductor版本:3.1

该包提供了一组R函数，用于使用Paxtools和查询路径共享(PC)分子相互作用数据库与BioPAX OWL文件进行交互，该数据库由纪念斯隆-凯特林癌症中心(MSKCC)计算生物学中心托管。Pathway Commons数据库包括:BIND、BioGRID、CORUM、CTD、DIP、DrugBank、HPRD、HumanCyc、integrity、KEGG、MirTarBase、Panther、PhosphoSitePlus、Reactome、RECON、TRANSFAC。

作者:Augustin Luna

维护:Augustin Luna

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“paxtoolsr”)

文档

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browseVignettes(“paxtoolsr”)

超文本标记语言	R脚本	使用PaxtoolsR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneSetEnrichment，GraphAndNetwork，网络，NetworkEnrichment，通路，软件，SystemsBiology
版本	1.2.1 "
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(1.5年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (>= 3.1.1)，rJava(> = 0.9 4),XML，RCurl，rjson，plyr
进口
链接
建议	testthat，knitr，BiocStyle，rmarkdown，RColorBrewer，igraph，biomaRt，雌激素，affy，hgu95av2，hgu95av2cdf，limma
SystemRequirements	Java (>= 1.5)
增强了
URL	https://bitbucket.org/cbio_mskcc/paxtoolsr
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	paxtoolsr_1.2.1.tar.gz
Windows二进制	paxtoolsr_1.2.1.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	paxtoolsr_1.2.1.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	paxtoolsr_1.2.1.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/paxtoolsr/tree/release-3.1
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/paxtoolsr/
软件包下载报告	下载数据