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MVGST

此软件包适用于生物导体的3.1版;对于稳定的最新版本,请参阅MVGST

多变量和定向基因集测试

生物导体版本:3.1

MVGST提供了独立于平台的工具来识别在多个感兴趣的对比度上具有差异性活跃(上或向下)的GO术语(基因集)。给定一个单方面p值的矩阵(基因的行,对比的列),MVGST使用荟萃分析方法将所有注释到每个基因集的基因组合在一起,然后将每个基因设置为更明显地为更大的基因。在每个感兴趣的对比度中,活性(1),较小的(-1)或没有显着差异的活性(0)。有了多个感兴趣的对比,每个基因集都被分配给差异活性的轮廓(跨对比度)。还提供了用于可视化(在GO图中)的工具,该基因集分类为给定配置文件。

作者:John R. Stevens和Dennis S. Mecham

维护者:约翰·史蒂文斯(John R. Stevens)

引用(从r内,输入引用(“ MVGST”)):

安装

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文档

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Browsevignettes(“ MVGST”)

PDF R脚本 MVGST教程小插图
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 差异性,,,,,,,,基因烯,,,,GraphandNetwork,,,,微阵列,,,,Onechannel,,,,途径,,,,rnaseq,,,,软件
版本 1.2.0
在生物导体中 Bioc 3.0(R-3.1)(1。5年)
执照 GPL-3
要看 r(> = 2.10.0),go.db,,,,rgraphviz
进口 Gprofiler,,,,Stringr,,,,topgo,,,,gostats,,,,注释,,,,AnnotationDbi,,,,图形
链接
建议 hgu133plus2.db,,,,org.hs.eg.db
系统要求
增强
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取决于我
进口我
建议我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

包源 mvgst_1.2.0.tar.gz
Windows二进制 mvgst_1.2.0.zip
Mac OS X 10.6(雪豹) mvgst_1.2.0.tgz
Mac OS X 10.9(Mavericks) mvgst_1.2.0.tgz
颠覆源 (用户名/密码:ReadOnly)
git源 https://github.com/bioconductor-mirror/mvgst/tree/release-3.1
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/mvgst/
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