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这个包是3.1版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅mmnet。

系统生物学的宏基因组管道

Bioconductor版本:3.1

这个包提供了实现微生物代谢网络构建和分析。它引入了一个独特的宏基因组系统生物学方法,宏基因组数据映射到KEGG全球代谢途径和构建一个系统性的网络。系统级网络和下一个拓扑分析将是很大的帮助分析各种功能性质,包括metagenome的调控和代谢功能。

作者:杨曹,范

维护人员:杨曹< yiluheihei gmail.com >,范李< pittacus gmail.com >

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PDF	R脚本	mmnet
PDF		参考手册

细节

biocViews	GraphsAndNetwork,微生物组,通路,测序,软件,SystemsBiology
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(2年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 2.14),igraph,biom
进口	Biobase,RJSONIO,stringr,reshape2,ggplot2,KEGGREST,plyr,XML,RCurl,flexmix,矩阵、方法、工具
链接
建议	RCytoscape,图,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	mmnet_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	mmnet_1.6.0.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	mmnet_1.6.0.tgz
Mac OS X 10.9(小牛)	mmnet_1.6.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/mmnet/tree/release - 3.1
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/mmnet/
包下载报告	下载数据