要安装此软件包,请启动R并输入:
##尝试http://如果不支持https:// url不支持源头(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“甲基菌”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包装存档。
此软件包适用于生物导体的3.1版;对于稳定的最新版本,请参阅甲基菌。
生物导体版本:3.1
该软件包提供了用于保存和操纵Illumina甲基化数据的类。基于ESET,它可以包含迈阿密信息,示例信息,功能信息和多个数据矩阵。“智能”导入功能,甲基瘤可以读取Illumina文本文件并创建甲基截相。甲基瘤可以直接读取人甲基化27和人甲基化450微阵列中的原始IDAT文件。还包括了黄金酸盐,无fin和Infinium HD阵列的归一化,背景校正和质量控制功能。
作者:Sean Davis,Pan Du,Sven Bilke,Tim Triche,Jr。,Moiz Bootwalla
维护者:sean davis
引用(从r内,输入引用(“甲基菌”)
):
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要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“甲基木”)
R脚本 | 甲基包装的介绍 | |
R脚本 | 使用Illumina 450k阵列使用甲基 | |
参考手册 | ||
文本 | 读书我 |
生物浏览 | CPGISLAND,,,,DNAMETHYLATY,,,,预处理,,,,QualityControl,,,,软件,,,,两通道 |
版本 | 2.14.0 |
在生物导体中 | Bioc 2.5(R-2.10)(6。5年) |
执照 | GPL-2 |
要看 | 生物酶,方法,r(> = 2.13),秤,,,,RESHAPE2,,,,GGPLOT2,,,,矩阵,,,,FDB.Infinium -Methylation.hg19(> = 2.2.0),Minfi |
进口 | 生物基因,,,,S4VECTORS,,,,iranges,,,,GenomeInfodB,,,,基因组机,,,,生物酶,图形,格子,,,,注释,,,,GeneFilter,,,,AnnotationDbi,,,,Minfi,stats4,Illuminaio |
链接 | |
建议 | Lumi,,,,格子,,,,林玛,,,,Xtable,,,,SQN,,,,大量的,,,,矩阵, 平行,rtracklayer,,,,生物弦,,,,甲基分析,,,,tcgamethylation450k,,,,Illuminahumanmethylation450Kanno.ILMN12.HG19,,,,FDB.Infinium -Methylation.hg18(> = 2.2.0),同性恋,,,,尼特 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
BugReports | https://github.com/seandavi/methylumi/issues/new |
取决于我 | rnbeads,,,,skewr,,,,西瓜 |
进口我 | FFPE,,,,Lumi,,,,甲基分析,,,,甲基小姐 |
建议我 | Illuminahumanmethylation450k.db |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
包源 | 甲基菌_2.14.0.tar.gz |
Windows二进制 | 甲基菌_2.14.0.zip |
Mac OS X 10.6(雪豹) | 甲基菌_2.14.0.tgz |
Mac OS X 10.9(Mavericks) | 甲基菌_2.14.0.tgz |
颠覆源 | (用户名/密码:ReadOnly) |
git源 | https://github.com/bioconductor-mirror/methylumi/tree/release-3.1 |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/methylumi/ |
软件包下载报告 | 下载统计 |