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Lumi
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此软件包适用于生物导体的3.1版；对于稳定的最新版本，请参阅Lumi。
Beadarray的光明甲基化和表达微阵列的特定方法
生物导体版本：3.1
Lumi软件包为Illumina微阵列数据分析提供了集成解决方案。它包括Illumina beadstudio（Genomestudio）数据输入，质量控制，Beadarray特异性方差稳定，归一化和基因注释在探针水平上的功能。它还包括处理Illumina甲基化微阵列的功能，尤其是Illumina Infinium甲基化微阵列。
作者：Pan Du，Richard Bourgon，Gang Feng，Simon Lin
维护者：pan du
引用（从r内，输入引用（“ Lumi”））：
安装
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文档
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Browsevignettes（“ Lumi”）
| R脚本 | 分析Illumina Infinium甲基化微阵列数据 | |
| R脚本 | LUMI包中VST算法的评估 | |
| R脚本 | 通过NUID解决Illumina标识符的不一致性 | |
| R脚本 | 使用Lumi A包处理Illumina微阵列 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | DNAMETHYLATY，，，，微阵列，，，，Onechannel，，，，预处理，，，，QualityControl，，，，软件，，，，两通道 |
| 版本 | 2.20.2 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.0（R-2.5）（9年） |
| 执照 | LGPL（> = 2） |
| 要看 | r（> = 2.10），生物酶（> = 2.5.5） |
| 进口 | 副词（> = 1.23.4），甲基菌（> = 2.3.2），GenomicFeatures，，，，基因组机，，，，注释，，，，生物酶（> = 2.5.5），格子，，，，MGCV（> = 1.4-0），nleqslv，，，，克恩斯门茶，，，，预处理，，，，rsqlite，，，，DBI，，，，AnnotationDbi，，，，大量的，图形，统计，统计4，方法 |
| 链接 | |
| 建议 | Beadarray，，，，林玛，，，，VSN，，，，Lumibarnes，，，，Lumihumanall.db，，，，Lumhumanidmapping，，，，GeneFilter，，，，rcolorbrewer |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | arraymvout，，，，ffpeexampledata，，，，Lumibarnes，，，，Lumhumanidmapping，，，，LumimouseIdMapping，，，，LumiratidMapping，，，，maqcsubset，，，，maqcsubsetilm，，，，mvoutdata，，，，西瓜 |
| 进口我 | FFPE，，，，甲基分析，，，，米尼卡 |
| 建议我 | Beadarray，，，，Blima，，，，甲基菌，，，，蒂格 |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 包源 | Lumi_2.20.2.2.tar.gz |
| Windows二进制 | Lumi_2.20.2.2.zip |
| Mac OS X 10.6（雪豹） | Lumi_2.20.2.tgz |
| Mac OS X 10.9（Mavericks） | Lumi_2.20.2.tgz |
| 颠覆源 | （用户名/密码：ReadOnly） |
| git源 | https://github.com/bioconductor-mirror/lumi/tree/release-3.1 |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/lumi/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
