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这个包适用于Bioconductor 3.1版;有关稳定的最新发布版本，请参见hapFabia．

hapFabia:在大量测序数据中以罕见变异为特征的非常短的遗传片段鉴定(IBD)

Bioconductor版本:3.1

通过FABIA聚类在大测序数据中识别非常短的IBD片段的包。如果两个单倍型都从一个共同的祖先继承了一个片段，那么它们就是相同的后裔(IBD)。目前的IBD方法可靠地检测长IBD片段，因为片段中的许多小等位基因在两个单倍型之间是一致的。然而，许多队列研究包含不相关的个体，这些个体仅共享较短的IBD片段。该软件包提供了在测序数据中识别短IBD片段的软件。IBD短片段的知识与基因分型数据的分期、关联研究和群体遗传学相关，它们有助于揭示人类的进化史。该软件包支持VCF格式，基于稀疏矩阵操作，并以不同格式提供单倍型集群的可视化。

作者:Sepp Hochreiter

维护者:Sepp Hochreiter

安装

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文档

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PDF	R脚本	hapFabia: R包的手册
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，GeneticVariability，遗传学，单核苷酸多态性，SequenceMatching，测序，软件，可视化
版本	1.10.0
在Bioconductor	BioC 2.11 (R-2.15)(3.5年)
许可证	LGPL (>= 2.1)
取决于	R (>= 2.12.0)，Biobase，fabia。(> = 2.3.1)
进口	方法，图形，grDevices，统计，utils
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.bioinf.jku.at/software/hapFabia/hapFabia.html
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	hapFabia_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	hapFabia_1.10.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	hapFabia_1.10.0.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	hapFabia_1.10.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/hapFabia/tree/release-3.1
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/hapFabia/
软件包下载报告	下载数据