要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“flowWorkspace”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
这个包适用于Bioconductor 3.1版;有关稳定的最新发布版本,请参见flowWorkspace.
Bioconductor版本:3.1
这个包的设计是为了方便比较自动门控方法和在flowJo中进行的手动门控方法。这个包允许您将基本的flowJo工作区导入到BioConductor中,并使用flowCore功能从flowJo复制门控。将执行门控层次结构、样本组、补偿和转换,以便输出与flowJo分析匹配。
作者:Greg Finak, Mike Jiang
维护者:Greg Finak
引文(从R内,输入引用(“flowWorkspace”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“flowWorkspace”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“flowWorkspace”)
R脚本 | 将flowJo工作区导入R | |
超文本标记语言 | R脚本 | 如何合并GatingSets |
超文本标记语言 | R脚本 | 如何绘制门控数据 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 安装 |
biocViews | DataImport,DataRepresentation,FlowCytometry,预处理,软件 |
版本 | 3.14.9 |
在Bioconductor | BioC 2.9 (R-2.14)(4.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (>= 2.16.0),flowCore(> = 1.33.13),flowViz(> = 1.29.27),ncdfFlow(> = 2.13.04),gridExtra |
进口 | Biobase,BiocGenerics,图、图形、晶格,方法,统计,stats4, utils,RBGL,XML、工具、gridExtra,Rgraphviz,data.table,plyr,latticeExtra,Rcpp,RColorBrewer,stringr |
链接 | Rcpp,黑洞(> = 1.58.0-1) |
建议 | testthat,flowWorkspaceData,RSVGTipsDevice,knitr |
SystemRequirements | xml2, GNU make |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | flowStats,openCyto,限定符 |
进口我 | 限定符 |
建议我 | 指南针,flowCore |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | flowWorkspace_3.14.9.tar.gz |
Windows二进制 | flowWorkspace_3.14.9.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | flowWorkspace_3.14.9.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | flowWorkspace_3.14.9.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/flowWorkspace/tree/release-3.1 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/flowWorkspace/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |