要安装这个包,开始R,然后输入:
##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("edge")
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
此包适用于Bioconductor的3.1版本;有关稳定的最新发布版本,请参见边缘.
Bioconductor版本:3.1
边缘包实现了进行全基因组基因表达研究的差异表达分析的方法。一般研究设计采用最优发现程序和广义似然比检验(相当于f检验和t检验)进行显著性检验。特殊的功能可以帮助分析常见的研究设计,包括时间课程实验。edge还集成了snm、sva和qvalue等软件包,为基因表达分析提供了广泛的工具。
作者:John D. Storey [aut, cre, cph], Jeffrey T. Leek [aut], Andrew J. Bass [aut]
维护者:John D. Storey
引用(从R中,输入引用(“边缘”)
):
要安装这个包,开始R,然后输入:
##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("edge")
要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:
browseVignettes(“边缘”)
R脚本 | 包边 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | DataImport,DifferentialExpression,GeneExpression,MultipleComparison,回归,软件,TimeCourse |
版本 | 2.0.0 |
在Bioconductor公司 | BioC 3.1 (R-3.2)(1年) |
许可证 | MIT +文件许可证 |
取决于 | R (>= 3.2.0),Biobase |
进口 | 方法、样条函数股东价值分析,球形结构,qvalue(> = 1.99.0),质量 |
链接 | |
建议 | testthat,knitr,ggplot2,reshape2 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/jdstorey/edge |
BugReports | https://github.com/jdstorey/edge/issues |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
包的来源 | edge_2.0.0.tar.gz |
Windows二进制 | edge_2.0.0.zip(32- & 64位) |
Mac OS X 10.6(雪豹) | edge_2.0.0.tgz |
Mac OS X 10.9(小牛队) | edge_2.0.0.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/edge/tree/release-3.1 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/edge/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |