要安装这个包,开始R,然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("edge")

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

边缘

此包适用于Bioconductor的3.1版本;有关稳定的最新发布版本,请参见边缘

差异基因表达的提取

Bioconductor版本:3.1

边缘包实现了进行全基因组基因表达研究的差异表达分析的方法。一般研究设计采用最优发现程序和广义似然比检验(相当于f检验和t检验)进行显著性检验。特殊的功能可以帮助分析常见的研究设计,包括时间课程实验。edge还集成了snm、sva和qvalue等软件包,为基因表达分析提供了广泛的工具。

作者:John D. Storey [aut, cre, cph], Jeffrey T. Leek [aut], Andrew J. Bass [aut]

维护者:John D. Storey

引用(从R中,输入引用(“边缘”)):

安装

要安装这个包,开始R,然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("edge")

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:

browseVignettes(“边缘”)

PDF R脚本 包边
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews DataImport,DifferentialExpression,GeneExpression,MultipleComparison,回归,软件,TimeCourse
版本 2.0.0
在Bioconductor公司 BioC 3.1 (R-3.2)(1年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 R (>= 3.2.0),Biobase
进口 方法、样条函数股东价值分析,球形结构,qvalue(> = 1.99.0),质量
链接
建议 testthat,knitr,ggplot2,reshape2
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/jdstorey/edge
BugReports https://github.com/jdstorey/edge/issues
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源 edge_2.0.0.tar.gz
Windows二进制 edge_2.0.0.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.6(雪豹) edge_2.0.0.tgz
Mac OS X 10.9(小牛队) edge_2.0.0.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/edge/tree/release-3.1
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/edge/
软件包下载报告 下载数据

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Bioconductor

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支持»

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  • 支持网站-有关Bioconductor包装的问题
  • 正常词 邮件列表——用于包开发人员bob电竞体育官网
弗雷德·哈钦森癌症研究中心