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此包是Biocumonds 3.1版;对于稳定的最新版本版本，请参阅easyrnaseq.。

计算RNA-SEQ数据的总结和归一化

Bioconductor版本：3.1

计算高通量短读取的覆盖范围对参考的基因组，并以每种兴趣特征总结其（例如外显子，基因，转录物）。数据可以被标准化为“RPKM”或“DESEQ”或“EDGER”包。

作者：尼古拉斯德豪蒙，伊斯马·苏利奥岛，巴斯蒂安席克斯

维护者：Nicolas delhomme

安装

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文件

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PDF.	r script.	easyrnaseq.
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	基因表达那遗传学那预处理那rnaseq.那软件
版本	2.4.7
在生物导体中以来	BIOC 2.10（R-2.15）（4年）
执照	艺术-2.0
依靠
进口	BioBase.（> = 2.28.0），生物根系（> = 0.14.0），生物相投（> = 1.2.7），生物雕（> = 2.24.0），生物仪器（> = 2.36.1），DESEQ.（> = 1.20.0），edger.（> = 3.10.2），GenomeIntervals.（> = 1.24.1），基因管理（> = 1.4.1），Genomeinfodb.（> = 1.4.1），Genomicranges.（> = 1.20.5），图形，绞喉（> = 2.2.5），LSD.（> = 3.0），方法，并行，RSAMTOOLS.（> = 1.20.4），S4Vectors.（> = 0.6.1），缩短（> = 1.26.0），Locfit.，实用程序
链接到
建议	生物焦（> = 1.6.0），bsgenome.（> = 1.36.2），bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm3.（> = 1.4.0），基因组法（> = 1.20.1），rnaseqtutorial.（> = 0.6.0），运行（> = 0.4.28）
系统要求
加强
URL.
取决于我	rnaseqtutorial.
进口我
建议我	SEQGSEA.
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

包来源	easyrnaseq_2.4.7.ta​​r.gz.
Windows二进制文件	easyrnaseq_2.4.7.zip.
Mac OS x 10.6（雪豹）	easyrnaseq_2.4.7.7.tgz.
Mac OS x 10.9（mavericks）	easyrnaseq_2.4.7.7.tgz.
subversion源	（用户名/密码：ReadOnly）
git源	https://github.com/biocumon-mirror/easyrnaseq/tree/release-3.1.
包短网址	http://biocumon.org/packages/easyrnaseq/
包裹下载报告	下载统计信息