要安装这个包,开始R,然后输入:
##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("crlmm")
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
此包适用于Bioconductor的3.1版本;有关稳定的最新发布版本,请参见crlmm.
Bioconductor版本:3.1
更快地实现特定于SNP 5.0和6.0阵列的CRLMM,以及特定于5.0、6.0和Illumina平台的拷贝号工具
作者:Benilton S Carvalho, Robert Scharpf, Matt Ritchie, Ingo Ruczinski, Rafael A Irizarry
维护者:Benilton S Carvalho
引用(从R中,输入引用(“crlmm”)
):
要安装这个包,开始R,然后输入:
##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("crlmm")
要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:
browseVignettes(“crlmm”)
R脚本 | 拷贝数估计 | |
R脚本 | crlmm Vignette -下游分析 | |
R脚本 | crlmm Vignette -基因分型 | |
R脚本 | 用于副本数分析的基础设施 | |
R脚本 | 拷贝号小插图概述 | |
R脚本 | 用于拷贝数分析的Illumina阵列预处理和基因分型 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | CopyNumberVariation,微阵列,预处理,单核苷酸多态性,软件 |
版本 | 1.26.0 |
Bioconductor自 | BioC 2.4 (R-2.9)(7年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (> = 2.14.0),oligoClasses(> = 1.21.12),preprocessCore(> = 1.17.7) |
进口 | 方法,Biobase(> = 2.15.4),BiocGenerics,affyio(> = 1.23.2),illuminaio,椭圆,mvtnorm样条函数、统计数据SNPchip跑龙套,晶格,ff,foreach,RcppEigen(> = 0.3.1.2.1),matrixStats,VGAM、并行 |
链接 | preprocessCore(> = 1.17.7) |
建议 | hapmapsnp6,genomewidesnp6Crlmm(> = 1.0.7),GGdata,snpStats,RUnit |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | VanillaICE |
建议我 | ArrayTV,hapmap370k,oligoClasses,SNPchip |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
包的来源 | crlmm_1.26.0.tar.gz |
Windows二进制 | crlmm_1.26.0.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.6(雪豹) | crlmm_1.26.0.tgz |
Mac OS X 10.9(小牛队) | crlmm_1.26.0.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/crlmm/tree/release-3.1 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/crlmm/ |
包下载报告 | 下载数据 |