要安装这个包,开始R,然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("crlmm")

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

crlmm

此包适用于Bioconductor的3.1版本;有关稳定的最新发布版本,请参见crlmm

Affymetrix SNP 5.0和6.0和Illumina阵列的基因型调用(CRLMM)和拷贝数分析工具。

Bioconductor版本:3.1

更快地实现特定于SNP 5.0和6.0阵列的CRLMM,以及特定于5.0、6.0和Illumina平台的拷贝号工具

作者:Benilton S Carvalho, Robert Scharpf, Matt Ritchie, Ingo Ruczinski, Rafael A Irizarry

维护者:Benilton S Carvalho , Robert Scharpf , Matt Ritchie

引用(从R中,输入引用(“crlmm”)):

安装

要安装这个包,开始R,然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("crlmm")

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:

browseVignettes(“crlmm”)

PDF R脚本 拷贝数估计
PDF R脚本 crlmm Vignette -下游分析
PDF R脚本 crlmm Vignette -基因分型
PDF R脚本 用于副本数分析的基础设施
PDF R脚本 拷贝号小插图概述
PDF R脚本 用于拷贝数分析的Illumina阵列预处理和基因分型
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews CopyNumberVariation微阵列预处理单核苷酸多态性软件
版本 1.26.0
Bioconductor自 BioC 2.4 (R-2.9)(7年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 2.14.0),oligoClasses(> = 1.21.12),preprocessCore(> = 1.17.7)
进口 方法,Biobase(> = 2.15.4),BiocGenericsaffyio(> = 1.23.2),illuminaio椭圆mvtnorm样条函数、统计数据SNPchip跑龙套,晶格ffforeachRcppEigen(> = 0.3.1.2.1),matrixStatsVGAM、并行
链接 preprocessCore(> = 1.17.7)
建议 hapmapsnp6genomewidesnp6Crlmm(> = 1.0.7),GGdatasnpStatsRUnit
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我 VanillaICE
建议我 ArrayTVhapmap370koligoClassesSNPchip
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源 crlmm_1.26.0.tar.gz
Windows二进制 crlmm_1.26.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6(雪豹) crlmm_1.26.0.tgz
Mac OS X 10.9(小牛队) crlmm_1.26.0.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/crlmm/tree/release-3.1
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/crlmm/
包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

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  • 支持网站-有关Bioconductor包装的问题
  • 正常词 邮件列表——用于包开发人员bob电竞体育官网
弗雷德·哈钦森癌症研究中心