安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“cpvSNP”)
在大多数情况下,您不需要下载包存档。
这个包是3.1版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅cpvSNP。
Bioconductor版本:3.1
基因分析方法存在SNP-level协会假定值组合为基因集,计算一个协会假定值为每个基因集。这个包实现了两个这样的方法,只需要计算SNP假定值,感兴趣的基因集(s),和一个相关矩阵(如果需要)。一个方法(GLOSSI)需要独立的单核苷酸多态性和其他(拉斯维加斯)可以考虑相关性(LD)单核苷酸多态性。内置的绘图函数可用来帮助用户可视化结果。
作者:凯特琳麦克休、杰西卡·拉尔森和杰森·哈克尼
维护人员:凯特琳麦克休< mchughc uw.edu >
从内部引用(R,回车引用(“cpvSNP”)
):
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“cpvSNP”)
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“cpvSNP”)
R脚本 | 基因分析和运行“cpvSNP”包 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | GeneSetEnrichment,遗传学,GenomicVariation,通路,软件,StatisticalMethod |
版本 | 1.0.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.1 (r - 3.2)(1年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (> = 2.10),GenomicFeatures,GSEABase(> = 1.24.0) |
进口 | 方法,corpcor,BiocParallel,ggplot2,plyr |
链接 | |
建议 | TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,RUnit,BiocGenerics,ReportingTools,BiocStyle |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
包的来源 | cpvSNP_1.0.0.tar.gz |
Windows二进制 | cpvSNP_1.0.0.zip |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | cpvSNP_1.0.0.tgz |
Mac OS X 10.9(小牛) | cpvSNP_1.0.0.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/bioconductor - mirror/cpvsnp/tree/release - 3.1 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/cpvSNP/ |
包下载报告 | 下载数据 |