要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“clipper”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
这个包适用于Bioconductor 3.1版;有关稳定的最新发布版本,请参见限幅器.
Bioconductor版本:3.1
采用两步经验方法实现拓扑基因集分析。它利用图分解理论来创建一个结树并重建最相关的信号路径。在第一步中,裁剪器根据对路径拓扑图的均值和集中矩阵的统计检验来选择显著路径。然后,它“剪辑”整个通路,识别与特定表型有最大关联的信号通路。
作者:Paolo Martini < Paolo。Cavei在gmail.com>,Gabriele Sales
维护者:Paolo Martini < Paolo。Cavei在gmail.com>
引文(从R内,输入引用(“快船”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“clipper”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“快船”)
R脚本 | 限幅器 | |
参考手册 |
biocViews | 软件 |
版本 | 1.8.2 |
在Bioconductor | BioC 2.12 (R-3.0)(3年) |
许可证 | AGPL-3 |
取决于 | R (>= 2.15.0),矩阵,图 |
进口 | 方法,Biobase,Rcpp,igraph,gRbase(> = 1.6.6),qpgraph,KEGGgraph,corpcor,RBGL |
链接 | |
建议 | RUnit,BiocGenerics,RCytoscape(> = 1.6.3),石墨,所有,hgu95av2.db,质量,BiocStyle |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | ToPASeq |
建议我 | 石墨 |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | clipper_1.8.2.tar.gz |
Windows二进制 | clipper_1.8.2.zip |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | clipper_1.8.2.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | clipper_1.8.2.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/clipper/tree/release-3.1 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/clipper/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |