要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“casper”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
这个包适用于Bioconductor 3.1版;有关稳定的最新发布版本,请参见卡斯珀.
Bioconductor版本:3.1
从配对端RNA-seq数据推断其他剪接。该模型基于跨外显子的路径计数,而不是成对的外显子连接,并非参数地估计片段大小和起始分布,提高了估计精度。
作者:David Rossell, Camille Stephan-Otto, Manuel Kroiss, Miranda Stobbe, Victor Pena
维护者:David Rossell
引文(从R内,输入引用(“鬼马小精灵”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“casper”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“鬼马小精灵”)
DesignRNASeq.pdf | ||
R脚本 | casper库的手册 | |
参考手册 |
biocViews | DifferentialExpression,GeneExpression,RNASeq,测序,软件,转录 |
版本 | 2.2.0 |
在Bioconductor | BioC 2.12 (R-3.0)(3年) |
许可证 | GPL (> = 2) |
取决于 | R (>= 2.14.1),Biobase,IRanges、方法、GenomicRanges |
进口 | BiocGenerics,EBarrays,gaga,gtools,GenomeInfoDb,GenomicFeatures,limma,mgcv,Rsamtools,rtracklayer,S4Vectors,sqldf,生存,VGAM |
链接 | |
建议 | |
SystemRequirements | |
增强了 | 平行 |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | casper_2.2.0.tar.gz |
Windows二进制 | casper_2.2.0.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | casper_2.2.0.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | casper_2.2.0.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/casper/tree/release-3.1 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/casper/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |