要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“casper”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

卡斯珀

这个包适用于Bioconductor 3.1版;有关稳定的最新发布版本,请参见卡斯珀

基于成对读的可选剪接的表征

Bioconductor版本:3.1

从配对端RNA-seq数据推断其他剪接。该模型基于跨外显子的路径计数,而不是成对的外显子连接,并非参数地估计片段大小和起始分布,提高了估计精度。

作者:David Rossell, Camille Stephan-Otto, Manuel Kroiss, Miranda Stobbe, Victor Pena

维护者:David Rossell

引文(从R内,输入引用(“鬼马小精灵”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“casper”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“鬼马小精灵”)

PDF DesignRNASeq.pdf
PDF R脚本 casper库的手册
PDF 参考手册

细节

biocViews DifferentialExpressionGeneExpressionRNASeq测序软件转录
版本 2.2.0
在Bioconductor BioC 2.12 (R-3.0)(3年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R (>= 2.14.1),BiobaseIRanges、方法、GenomicRanges
进口 BiocGenericsEBarraysgagagtoolsGenomeInfoDbGenomicFeatureslimmamgcvRsamtoolsrtracklayerS4Vectorssqldf生存VGAM
链接
建议
SystemRequirements
增强了 平行
URL
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源 casper_2.2.0.tar.gz
Windows二进制 casper_2.2.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) casper_2.2.0.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks) casper_2.2.0.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/casper/tree/release-3.1
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/casper/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网
弗雷德哈钦森癌症研究中心