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这个包是3.1版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅beadarray。

质量评估和低级Illumina公司BeadArray数据分析

Bioconductor版本:3.1

包能够读取bead-level数据(生口角和文本文件)输出BeadScan以及从BeadStudio bead-summary数据。质量评估方法和低层次的分析。

作者:马克·邓宁迈克史密斯,乔纳森•凯恩斯安迪•林奇马特里奇

维护人员:马克邓宁<马克。邓宁在cruk.cam.ac.uk >

安装

安装这个包,开始R和输入:

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文档

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browseVignettes (“beadarray”)

PDF	R脚本	beadarray.pdf
PDF	R脚本	beadlevel.pdf
PDF	R脚本	beadsummary.pdf
PDF	R脚本	ImageProcessing.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	微阵列,OneChannel,预处理,质量控制,软件
版本	2.18.0
Bioconductor自	BioC 1.8 (r - 2.3)(10年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 2.13.0),BiocGenerics(> = 0.3.2),Biobase(> = 2.17.8)、方法ggplot2
进口	BeadDataPackR,limma,AnnotationDbistats4,reshape2,GenomicRanges,IRanges,illuminaio
链接
建议	光民,vsn,affy,hwriter,beadarrayExampleData,illuminaHumanv3.db,gridExtra,BiocStyle,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,ggbio,Nozzle.R1,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	beadarrayExampleData
进口我	arrayQualityMetrics,BeadArrayUseCases,blima,epigenomix
建议我	beadarraySNP,blimaTestingData,光民
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	beadarray_2.18.0.tar.gz
Windows二进制	beadarray_2.18.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	beadarray_2.18.0.tgz
Mac OS X 10.9(小牛)	beadarray_2.18.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/beadarray/tree/release - 3.1
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/beadarray/
包下载报告	下载数据