要安装此软件包,请启动R并输入:

##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ bamsignals”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包装存档。

bamsignals

此软件包适用于生物导体的3.1版;对于稳定的最新版本,请参阅bamsignals

从BAM文件中提取读取计数信号

生物导体版本:3.1

该软件包允许从索引的BAM文件有效地获得计数向量。它计算给定基因组范围中的读取数量,并计算读取曲线和覆盖率。它还处理配对端数据。

作者:Alessandro Mammana [AUT,CRE],Johannes Helmuth [aut]

维护者:Alessandro Mammana

引用(从r内,输入引用(“ BamSignals”)):

安装

要安装此软件包,请启动R并输入:

##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ bamsignals”)

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Bamsignals”)

html R脚本 BamSignals包装简介
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 结盟,,,,覆盖范围,,,,DataImport,,,,测序,,,,软件
版本 1.0.0
在生物导体中 Bioc 3.1(R-3.2)(1年)
执照 GPL-2
要看 r(> = 3.2.0)
进口 方法,生物基因,,,,RCPP(> = 0.10.6),iranges,,,,基因组机,,,,Zlibbioc
链接 RCPP,,,,Rhtslib,,,,Zlibbioc
建议 测试(> = 0.9),rsamtools,,,,生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

包源 bamsignals_1.0.0.0.tar.gz
Windows二进制 bamsignals_1.0.0.zip(32-和64位)
Mac OS X 10.6(雪豹) bamsignals_1.0.0.tgz
Mac OS X 10.9(Mavericks) bamsignals_1.0.0.tgz
颠覆源 (用户名/密码:ReadOnly)
git源 https://github.com/bioconductor-mirror/bamsignals/tree/release-3.1
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/bamsignals/
软件包下载报告 下载统计

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