安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“affyPLM”)

在大多数情况下,您不需要下载包存档。

affyPLM

这个包是3.1版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅affyPLM

方法拟合probe-level模型

Bioconductor版本:3.1

一个包扩展,提高基地affy包的功能。例程,使大量使用编译后的代码的速度。中央的重点是实现方法拟合probe-level模型和工具使用这些模型。基于PLM的质量评估工具。

作者:本Bolstad < bmb bmbolstad.com >

维护人员:本Bolstad < bmb bmbolstad.com >

从内部引用(R,回车引用(“affyPLM”)):

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“affyPLM”)

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“affyPLM”)

PDF R脚本 affyPLM:先进MAplot函数的使用
PDF R脚本 affyPLM:拟合调查水平模型
PDF R脚本 affyPLM:基于模型的质量控制评估Affymetrix GeneChips
PDF R脚本 affyPLM: threestep函数
PDF 参考手册

细节

biocViews 微阵列,OneChannel,预处理,质量控制,软件
版本 1.44.0
Bioconductor自 BioC 1.6 (r - 2.1)或更早(> 11年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R (> = 2.6.0),BiocGenerics(> = 0.3.2),affy(> = 1.11.0),Biobase(> = 2.17.8),gcrma统计数据,preprocessCore(> = 1.5.1)
进口 BiocGenerics,zlibbioc、图形grDevices、方法
链接 preprocessCore
建议 affydata,质量
SystemRequirements
增强了
URL http://bmbolstad.com
取决于我 RefPlus
进口我 affylmGUI,affyQCReport,arrayQualityMetrics
建议我 AffyExpress,arrayMvout,ArrayTools,BiocCaseStudies,BiocGenerics,,frmaTools,metahdep,oneChannelGUI,钢琴
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源 affyPLM_1.44.0.tar.gz
Windows二进制 affyPLM_1.44.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) affyPLM_1.44.0.tgz
Mac OS X 10.9(小牛) affyPLM_1.44.0.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/bioconductor - mirror/affyplm/tree/release - 3.1
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/affyPLM/
包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请阅读发布指南。文章质疑Bioconductor到以下位置:

  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网
弗雷德哈钦森癌症研究中心