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此包适用于Bioconductor的3.1版本;有关稳定的、最新的发布版本，请参见VegaMC。

VegaMC:一个用于识别癌症中驱动染色体失衡的变分分段光滑模型的包

Bioconductor版本:3.1

该包能够检测驱动染色体失衡，包括阵列比较基因组杂交(aCGH)数据中的杂合性缺失(LOH)。VegaMC对数据集进行联合分割，并使用一个统计框架来区分司机和乘客变异。VegaMC已经实现，可以立即与PennCNV工具产生的输出集成。此外，VegaMC输出两个网页，允许在检测区域和改变的基因之间快速导航。在总结改变基因的网页中，报告了到各自的Ensembl基因网页的链接。

作者:S. Morganella和M. Ceccarelli

维护人员:桑德罗·摩根拉<桑德罗at ebi.ac.uk>

安装

要安装这个软件包，请从R开始，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“VegaMC”)

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“VegaMC”)

PDF	R脚本	VegaMC
PDF		参考手册

细节

biocViews	CopyNumberVariation,软件,aCGH
版本	3.6.0
Bioconductor自	BioC 2.10 (R-2.15)(4年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 2.10.0),biomaRt,Biobase,genoset
进口	方法
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源	VegaMC_3.6.0.tar.gz
Windows二进制	VegaMC_3.6.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6(雪豹)	VegaMC_3.6.0.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	VegaMC_3.6.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/VegaMC/tree/release-3.1
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/VegaMC/
包下载报告	下载数据