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变体

此软件包适用于生物导体的3.1版;对于稳定的最新版本,请参阅变体

遗传变异的注释

生物导体版本:3.1

注释变体,计算氨基酸编码变化,预测编码结果

作者:Valerie Obenchain [AUT,CRE],Martin Morgan [AUT],Michael Lawrence [AUT],Stephanie Gogarten [CTB]

维护者:valerie obenchain

引用(从r内,输入引用(“变体”)):

安装

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文档

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browsevignettes(“变体”)

PDF R脚本 FilterVCF概述
PDF R脚本 变体介绍
PDF 参考手册
文本 消息
视频 读取VCF数据

细节

生物浏览 注解,,,,DataImport,,,,遗传学,,,,SNP,,,,测序,,,,软件,,,,变体
版本 1.14.13
在生物导体中 Bioc 2.9(R-2.14)(4。5年)
执照 艺术2.0
要看 R(> = 2.8.0),方法,生物基因(> = 0.7.7),GenomeInfodB(> = 1.1.3),基因组机(> = 1.19.47),rsamtools(> = 1.19.52)
进口 utils,DBI,,,,Zlibbioc,,,,生物酶,,,,S4VECTORS(> = 0.5.14),iranges(> = 2.1.27),xvector(> = 0.5.6),生物弦(> = 2.33.5),AnnotationDbi(> = 1.27.9),BSGENOME,,,,rtracklayer(> = 1.25.16),GenomicFeatures(> = 1.19.17)
链接 S4VECTORS,,,,iranges,,,,xvector,,,,生物弦,,,,rsamtools
建议 运行,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg19,,,,snplocs.hsapiens.dbsnp.20110815,,,,snplocs.hsapiens.dbsnp.20101109,,,,sift.hsapiens.dbsnp132,,,,polyphen.hsapiens.dbsnp131,,,,snpstats,,,,GGPLOT2,,,,生物使用
系统要求
增强
URL
取决于我 等位基因平衡,,,,ampliqueso,,,,CGDV17,,,,CNVRD2,,,,Deepsnv,,,,ememblvep,,,,GoogleGenomics,,,,htseqgenie,,,,polyphen.hsapiens.dbsnp131,,,,稀有,,,,sift.hsapiens.dbsnp132,,,,sift.hsapiens.dbsnp137,,,,躯体签名,,,,变体滤波器,,,,变体工具
进口我 等位基因平衡,,,,Biovizbase,,,,宇宙67,,,,CustomProdb,,,,funcisnp,,,,GGBIO,,,,ggtools,,,,GMAPR,,,,gqtlstats,,,,Gwascat,,,,mafdb.all.wgs.phase1.release.v3.20101123,,,,mafdb.all.wgs.phase3.release.v5a.20130502,,,,mafdb.esp6500si.v2.ssa137,,,,mafdb.exac.r0.3.sites,,,,甲基分析,,,,R453plus1toolbox,,,,Seqarray,,,,Seqvartools,,,,Systempiper
建议我 AnnotationHub,,,,基因组机,,,,Gwastools,,,,podkat,,,,三人组,,,,vtpnet
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

包源 variantAnnotation_1.14.13.tar.gz
Windows二进制 variantantation_1.14.13.zip(32-和64位)
Mac OS X 10.6(雪豹) variantantation_1.14.13.tgz
Mac OS X 10.9(Mavericks) variantantation_1.14.13.tgz
颠覆源 (用户名/密码:ReadOnly)
git源 https://github.com/bioconductor-mirror/variantannotation/tree/release-3.1
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/variantannotation/
软件包下载报告 下载统计

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