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这个包适用于Bioconductor 3.1版;有关稳定的最新发布版本，请参见ToPASeq．

RNASeq数据基于拓扑的路径分析包

Bioconductor版本:3.1

实现了7种基于拓扑的RNASeq和微阵列数据路径分析方法:SPIA, DEGraph, TopologyGSA, TAPPA, TBS, PWEA和单个路径的可视化工具。

作者:Ivana Ihnatova, Eva Budinska

维护者:Ivana Ihnatova < Ihnatova at iba. munia .cz>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

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文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ToPASeq”)

PDF	R脚本	一个基于拓扑的微阵列和RNA-Seq数据路径分析的R包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，GraphAndNetwork，微阵列，NetworkEnrichment，通路，RNASeq，软件，可视化
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(1.5年)
许可证	AGPL-3
取决于	石墨，gRbase，图，locfit，Rgraphviz
进口	R.utils、方法、Biobase平行,刨边机，DESeq2，GenomicRanges，RBGL，DESeq，字段，limma，TeachingDemos，KEGGgraph，qpgraph，限幅器
链接	Rcpp
建议	RUnit，BiocGenerics，gageData，DEGraph，plotrix
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	ToPASeq_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	ToPASeq_1.2.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	ToPASeq_1.2.0.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	ToPASeq_1.2.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/ToPASeq/tree/release-3.1
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ToPASeq/
软件包下载报告	下载数据