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这个包适用于Bioconductor 3.1版;有关稳定的最新发布版本，请参见TFBSTools．

转录因子结合位点(TFBS)分析软件包

Bioconductor版本:3.1

TFBSTools是一个用于分析和操作转录因子结合位点和转录因子谱矩阵的软件包。

作者:葛谭<葛。Tan09在imperial.ac.uk>

维护人员:Ge Tan < Ge。Tan09在imperial.ac.uk>

安装

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文档

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browseVignettes(“TFBSTools”)

PDF	R脚本	转录因子结合位点(TFBS)分析与“TFBSTools”包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneRegulation，MotifAnnotation，MotifDiscovery，软件
版本	1.6.1
在Bioconductor	BioC 2.13 (R-3.0)(2.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.0.1)
进口	Biostrings(> = 2.33.3),RSQLite(> = 0.11.4),seqLogo，GenomicRanges(> = 1.17.7),caTools(> = 1.14),XVector(> = 0.5.8),rtracklayer(> = 1.25.3),BSgenome(> = 1.30.0),S4Vectors(> = 0.2.3),IRanges(>= 1.99.28)，方法gtools(> = 3.0.0),cn(> = 0.99.8),BiocParallel(> = 0.5.6),DirichletMultinomial(> = 1.7.1上),TFMPvalue(> = 0.0.5),BiocGenerics
链接
建议	JASPAR2014(> = 0.99.3),RUnit，BiocStyle，knitr
SystemRequirements	meme
增强了
URL	http://jaspar.genereg.net/
全靠我
进口我	MatrixRider
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	TFBSTools_1.6.1.tar.gz
Windows二进制	TFBSTools_1.6.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	TFBSTools_1.6.1.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	TFBSTools_1.6.1.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/TFBSTools/tree/release-3.1
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TFBSTools/
软件包下载报告	下载数据