要安装此软件包，请启动R并输入：
##尝试http：//如果不支持https：// url不支持源（“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”）bioclite（“ shortread”）
在大多数情况下，您根本不需要下载包装存档。
Shortread
  |
此软件包适用于生物导体的3.1版；对于稳定的最新版本，请参阅Shortread。
FASTQ输入和操纵
生物导体版本：3.1
该软件包实现了FastQ文件的采样，迭代和输入。该软件包包括用于过滤和修剪读取的功能，以及生成质量评估报告。数据表示为DNAStringset衍生的对象，并且很容易为各种目的而操纵。该软件包还包含对早期单端，未包装格式的遗产支持。
作者：马丁·摩根，迈克尔·劳伦斯，西蒙·安德斯
维护者：bioconductor.org>的生物导体套件维护器<维护器>
引用（从r内，输入引用（“ Shortread”））：
安装
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##尝试http：//如果不支持https：// url不支持源（“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”）bioclite（“ shortread”）
文档
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Browsevignettes（“ Shortread”）
| R脚本 | Shortread简介 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | DataImport，，，，QualityControl，，，，测序，，，，软件 |
| 版本 | 1.26.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.3（R-2.8）（7。5年） |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | 生物基因（> = 0.11.3），生物比较，，，，生物弦（> = 2.33.14），rsamtools（> = 1.17.28），基因组签名（> = 1.1.28） |
| 进口 | 生物酶，，，，S4VECTORS（> = 0.5.11），iranges（> = 1.99.27），GenomeInfodB（> = 1.1.19），基因组机（> = 1.17.39），HWRITER， 方法，Zlibbioc，，，，格子，，，，LatticeExtra |
| 链接 | S4VECTORS，，，，iranges，，，，xvector，，，，生物弦 |
| 建议 | 生物使用，，，，运行，，，，Biomart，，，，GenomicFeatures，，，，酵母纳加拉克氏菌 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | basic4cseq，，，，chipseq，，，，Eatonetalchipseq，，，，EDASEQ，，，，girafe，，，，htseqgenie，，，，核，，，，耳管酶，，，，劳力士，，，，RQC，，，，rsffreader，，，，片段，，，，Systempiper |
| 进口我 | arrayexpresshts，，，，打，，，，chipseq，，，，chipseqr，，，，芯片，，，，EasyRnaseq，，，，哥特，，，，准，，，，R453plus1toolbox，，，，劳力士，，，，RSVSIM |
| 建议我 | 生物比较，，，，CSAR，，，，dbchip，，，，基因组签名，，，，Genominator，，，，Hicdatalymphoblast，，，，图片，，，，ping，，，，repitools，，，，rnaseqtutorial，，，，rsamtools，，，，yeastrnaseq |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 包源 | shortread_1.26.0.tar.gz |
| Windows二进制 | shortread_1.26.0.zip（32-和64位） |
| Mac OS X 10.6（雪豹） | Shortread_1.26.0.tgz |
| Mac OS X 10.9（Mavericks） | Shortread_1.26.0.tgz |
| 颠覆源 | （用户名/密码：ReadOnly） |
| git源 | https://github.com/bioconductor-mirror/shortread/tree/release-3.1 |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/shortread/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
